Во второй половине XIX в. настоятели Крестного монастыря сообщали в донесениях о частичной утрате мощей. Так, архимандрит Нектарий в 1876 г. указывал на отсутствие мощей великомученика Прокопия и пророка Даниила: «Оные единственно могли быть затеряны при переносе св. Креста из монастыря по неудобному пути во время нашествия неприятеля…, когда в 1854 году подходил англичанин к Соловецкому монастырю и был также и в Крестной обители и что в это время св. Крест был увозим из обители» (Государственный архив Архангельской области). На средства Игнатия (Семёнова), архиепископа Олонецкого, вложившего в Крестный монастырь 5 тыс. руб., в 1843 г. вокруг Кийского креста был сооружён мраморный киот (Российский государственный архив древних актов). На розовом поле мрамора была вырезана вкладная надпись с именем дарителя. Исследователям известно изображение Кийского креста в новом киоте. Кийский крест пребывал в соборе Воздвижения Креста до закрытия монастыря. В начале 1920 гг. он был перевезён на Соловки и хранился в музее Соловецкого отделения Архангельского общества краеведения (Государственный архив Архангельской области). Музей располагался в Благовещенской церкви Соловецкого монастыря, где было сосредоточено около 500 экспонатов, в том числе «Никоновский крест из кипарисового дерева, обложенный листовым серебром, сооружённый самим патриархом для Крестного монастыря и затем перенесённый на Соловки». В 1939 г. в составе коллекции упразднённого Соловецкого музея Кийский крест был отправлен в Москву и передан в филиал Исторического музея в Новодевичьем монастыре. В 1991 г. передан Московскую патриархию РПЦ и установлен в московской церкви преподобного Сергия Радонежского в Крапивниках (находится в приделе Всех святых, в земле Российской просиявших). В описи Крестовоздвиженского собора, составленной после закрытия обители в 1921 г., упомянута «копия Животворящего Креста Господня» (Государственный архив Архангельской области). Она стояла в соборе монастыря в 1926 г., что подтверждается документами Онежского уездного финотдела: «Копия древнего креста без стекла, украшения с него все сорваны и самый крест попорчен» (Государственный архив Архангельской области). В июне 1928 г. копию Кийского креста и две большие иконы с изображением равноапостольных царей Константина и Елены, стоявшие по сторонам Кийского креста, по просьбе верующих принял Троицкий собор Онеги (Государственный архив Архангельской области). После закрытия храма в 1931 г. (Государственный архив Архангельской области) копия хранилась в кладбищенской церкви праведного Лазаря в Онеге, а в 2010 г. возвращена в возрождённый Троицкий собор. По стилистическим и палеографическим особенностям крест-копию исследователи относят к началу ХХ в. Он был отреставрирован по инициативе настоятеля собора протоиерея Александра Коптева; в настоящее время в нём собрано больше 120 частиц мощей святых. Дальнейшая судьба и местонахождение икон с предстоящими святыми исследователям неизвестны.