К началу XI в. собор именовался не только в честь Спасителя, но и в честь Килиана, Колоната и Тотнана. При епископе Бруно (1034–1045 гг.) на его месте началось строительство одного из крупнейших в Германии романских храмов, образцом для которого послужил собор в Шпайере (трёхнефная базилика с трансептом и криптой под хором, западный фасад и алтарная часть фланкированы четырьмя башнями). Строительные работы были завершены при епископе Адальбероне (1045–1090 гг.), но впоследствии собор перестраивался и приобрёл окончательный вид лишь к середине XIII в. Наиболее существенные работы по реконструкции храма проводились в начале XVIII в. (барочное оформление интерьера) и в 1879–1895 гг. (неороманский фасад). Собор был сильно разрушен в марте 1945 г., полностью утрачено внутреннее убранство. Восстановление храма завершено в 1967 г. В главном алтаре собора находится реликварий с главами Килиана, Колоната и Тотнана. До 1803 г. в библиотеке соборного капитула хранился так называемый Евангелиарий Килиана, выполненный в Галлии в VI–VII вв. На месте первого собора, разрушенного в 855 г., был воздвигнут так называемый Новый монастырь (Ноймюнстер), с XI в. – коллегиальная церковь. По средневековому преданию, храм находился либо на месте гибели мучеников, либо на месте их первоначального захоронения. Церковь в романском стиле была построена после основания капитула при епископе Адальбероне (перестроена в стиле барокко на рубеже XVII и XVIII вв. (западный фасад, купол, оформление интерьера), пострадала от бомбёжки 16 марта 1945 г., восстановлена к 1950 г.). В XII в. храм был посвящён Килиану, позднее – апостолу Иоанну, т.к. в честь Килиана был назван расположенный поблизости кафедральный собор. В крипте храма находилась гробница с мощами Килиана, Колоната и Тотнана и каменный саркофаг, в котором, по преданию, некогда почивали останки Килиана. Особым почитанием пользовался колодец, водой из которого святой, по легенде, крестил дукса Гоцберта. В Средние века Килиан почитался как покровитель епископства Вюрцбург и церковного княжества Вюрцбургских епископов, изображение мученика помещали на печатях (например, на городской печати Вюрцбурга 1319 г.), монетах и знаменах. В настоящее время Килиан считается также покровителем исторической области Франкония и города Хайльбронн. Память святого указана в Римском Мартирологе, поминовение совершается в архиепископстве Падерборн (25 марта – перенесение мощей Килиана), епископстве Фульда и других католических диоцезах Германии и Австрии, в том числе в епископстве Эрфурт, покровителем которого считается Килиан (вместе со св. Бонифацием и со св. Елизаветой Тюрингской). Почитание Килиана существует также в Ирландии. Считается, что он родился в селении Мулла (графство Каван), где сохранились руины церкви и источник св. Келлаха. Сведения об отождествлении св. Келлаха и Килиана восходят к 1715 г., в начале XIX в. засвидетельствован обычай отмечать храмовый праздник 8 июля. В XIX в. почитание Килиана получило распространение в Ирландии, во имя святого было освящено несколько католических храмов. Ранняя иконография Килиана представлена циклом миниатюр в рукописи Мученичеств Киприана и Маргариты, выполненной в Фульде в последней четверти X в. Наиболее известны исследователям изображения святого в епископском облачении с посохом в левой руке и мечом (орудие мученичества) в правой (резной заалтарный образ работы Х. Зейфера в церкви св. Килиана в Хайльбронне (1498 г.); бюсты Килиана, Колоната и Тотнана работы Тильмана Рименшнайдера (около 1460 – 1531 гг.) в церкви Ноймюнстер в Вюрцбурге (оригиналы утрачены в 1945 г.)).