Согласно указу Синода 1799 г., обитель стала местом пребывания викариев Киевской епархии, епископов Чигиринских. Часть владений была отведена Киевскому Златоверхому монастырю как викариатские имения. По ходатайству первого настоятеля-викария епископа Феофана (Шиянова-Чернявского) монастырю были отведены луг Корабица близ села Козина (90 десятин), хутор Яровицы (Полатницкий) с садами и огородами (43 десятины), мельница в селе Мотовиловка с 11 десятинами земли. В начале 1802 г. епископ Феофан получил от властей викариатское имение в урочище Лазаревщина (131 десятину 207 кв. сажён). По его инициативе там были построены часовня, загородный архиерейский дом, три деревянных дома, в которых проживали два иеромонаха, иеродиакон и три послушника, устроена пасека (800 ульев), в саду посажены плодовые деревья, выкопаны пруды; 23 августа 1803 г. митрополит Гавриил (Банулеску-Бодони) освятил храм в честь Чуда архангела Михаила в Хонех; в тот же день митрополит Гавриил благословил называть Лазаревщину Феофанией в память о трудах викарного епископа (см. Киевский во имя великомученика Пантелеимона женский монастырь (Феофания)). К концу XIX в. Киевский Златоверхий монастырь также владел хутором Выгуровщина со скотным двором (2 десятины 100 кв. сажён) и с сенокосным островом (206 десятин 1700 кв. сажён), хутором Яровицы (28 десятин 40 кв. сажён), бобрицкой мельницей (18 десятин 1200 кв. сажён) в 30 верстах от Киева, мельницей в селе Мотовиловка с хутором, лесом и сенокосом, Сераковским прудом, который сдавался в аренду, рыболовным озером Старик с хутором Стан (199 десятин 440 кв. сажён), усадьбой с домом на реке Лыбеди и сенокосными урочищами Голятское и Згонное (125 десятин 2265 кв. сажён). В 1807 г. Киевский Златоверхий монастырь располагал неокладной суммой 9317 руб., в середине 1820 гг. – около 36 тыс. руб. В Киевском Златоверхом монастыре принял постриг Гервасий (Линцевский; впоследствии епископ Переяславский), в 1750 г. – Амфилохий (Леонтович; впоследствии епископ Переяславский), 21 июля 1835 г. рукоположён во иерея будущий Тверской и Кашинский архиепископ Евсевий (Ильинский); 19 декабря 1854 г. принял постриг, 8 декабря 1856 г. рукоположён во диакона, 10 мая 1860 г. – во иерея киевский старец Вонифатий (Виноградский); 10 февраля 1908 г. принял постриг и вскоре был рукоположён во диакона и иерея Макарий (Гневушев; впоследствии епископ Орловский); 20 октября 1908 г. принял постриг, 22 октября возведён в сан архимандрита Павел (Преображенский; впоследствии епископ Чигиринский), в 1919 г. принял постриг Евмений (Хорольский; впоследствии архиепископ Житомирский). В обители проживали: после 1761 г. – филолог иеромонах Иаков (Блонницкий), который составлял лексиконы и грамматики церковнославянского языка, с 1813 г. – епископ Ириней (Фальковский), в 1860 гг. – преподобный Гавриил Афонский, с 1918 г. – иеромонах Дамаскин (Цедрик), служивший епархиальным миссионером. 18 июня 1909 г. Киевский Златоверхий монастырь посетили император Николай II и великий князь Михаил Александрович. В 1918 г. храмы Киевского Златоверхого монастыря пострадали во время бомбардировки Киева армией Михаила Артемьевича Муравьёва. В 1919 г. в постройках монастыря располагался Укрсовнархоз.