В советский период Кватахеви был закрыт. В 1924 г. Г. Бочоридзе перевёз монастырские святыни и утварь в Тифлис (ныне многие предметы хранятся в Музее искусств Национального музея Грузии). В 1970–1975 гг. под руководством В. Цинцадзе в Кватахеви были проведены реставрационные работы: восстановлены и укреплены облицовка стен, западный притвор, лукообразное перекрытие купола заменено на конусообразное. Богослужение было восстановлено в 1989 г. по благословению католикоса-патриарха Грузии Илии II (Гудушаури-Шиолашвили). В Кватахеви подвизаются четыре монаха, настоятель – иеромонах Дамиан (Хупения). Настоятели Кватахеви: Герман (около 1460 г.), в миру Георгий, отец Нестан-Дареджан, супруги самцхийского атабага Кваркваре III; Сильвестр (Силибистро; Магаладзе; около 1517 г.); Филипп (Бараташвили; 1555–1574 гг.); Фома (около 1596 г.); Иоанн (Авалишвили; 1600 или 1605–1612 гг.); Иосиф (Насидзе; 1612–1613 гг.); Захарий (1613–1620 гг.); Агапит (Тархнишвили; с 1624 г.); Николай (Чхеидзе; 1760–1670 гг.); Христофор (Сагинашвили; 1683–1686 гг.); Бери (Саакадзе-Тархнишвили; с 1686 г.); Евфимий (Саакадзе; 1691–1700 гг.); Христофор (Палавандишвили; 1708–1720 гг.); Евфимий (около 1720 г.); Иоанн (1740–1760 гг.); Афанасий (1780 гг.); Антоний (Тархнишвили; 1790 гг.); Досифей (Пицхелаури; начало XIX в. – 1809 г.); Афанасий (Алексишвили; не позднее 1815 г. – до 1821 г., скончался в Москве); Тарасий (Алекси-Месхишвили; 1854–1874 гг.). Внутри высокой каменной ограды монастыря (55,4х59,2 м) с двумя башнями находятся кафоликон и строения бытового и хозяйственного назначения. Кафоликон (20,7х13,5 м) представляет собой крестово-купольную церковь типа «вписанного креста»; купол опирается на восточные углы стен и два свободно стоящих западных столба. Храм имеет два входа: с юга (смещён к западу) и с запада (смещён к северу). К западному входу примыкает маленький арочный портик, пристроенный в 1658–1675 гг., к южному – придел, охватывающий западные и средние части южного фасада. Исследователи отмечают, что план кафоликона сходен с планами грузинских церквей XII–XIII вв., в первую очередь, с планом кафоликона монастыря Бетаниа. Фасады выложены тёсаными плитами желтоватого ракушечного известняка и богато декорированы орнаментальной резьбой. Вследствие повреждений и реставрации 1854 г. первоначальный декор храма частично утрачен, однако общий характер и система украшения фасадов прослеживаются. В наружном облике здания выделяется купол со стройным барабаном. Он украшен декоративными арками, поставленными на пучки тонких полуколонок.