В 1470 г. католикос-патриарх всей Грузии Давид V (1466–1479 гг.) утвердил права рода Магаладзе на поместья Иваниасдзе: дворец и церковь в Кавтисхеви, усыпальницу в Кватахеви, виноградник в Метехи и т.д. (очевидно, с XV в. Кватахеви владели католикосы-патриархи Грузии). Грузинские цари и знать, среди них были епископ Тбилисский и Манглисский Иоанн (1415–1430 гг.), Нанита Кипиани (1452 г.), царь Грузии Георгий VIII (1460 г.), Нино Качибадзе (1477 г.), царица Гулшар (1488 г.), глава царских писцов Иване Солагашвили (1519 г.), князь Мераб Цицишвили (1520 г.), монахиня Нина (в миру Нестан-Дареджан, супруга атабага и амирспасалара Кваркваре III Джакели, 1520 г.), дворяне из рода Гаганидзе (1568 г.), царь Картли Симеон I (1580 г.), делали Кватахеви разнообразные пожертвования (деньги, виноградники, пахотные земли, крестьян). В 1550 г. царь Картли Луарсаб I (1527–1556 гг.) возобновил иммунитетную грамоту Кватахеви, его преемник Симеон I (1556–1569; 1578 – 1599/1600 гг.) передал монастырю сёла Свенети, Ксовриси (ныне в Мцхетском муниципалитете) и Идлети (ныне в Каспском муниципалитете), освободив их от всех государственных повинностей. Брат Луарсаба I царевич Рамаз (в монашестве Роман) в 1580 г. пожертвовал Кватахеви село Телатубани (ныне Телатгори, Каспский муниципалитет). Для донаторов в Кватахеви были установлены агапы, которые осуществлял либо монастырь, либо лица, которым передавались угодья Кватахеви во временное пользование. Иногда этот обряд проходил при «открытых вратах»: угощали нищих и неимущих. Агапы составляли важную статью доходов монастыря. Кватахеви быстро стал одним из богатых и крупных духовных центров Восточной Грузии. О процветающем экономическом положении Кватахеви свидетельствует случай, связанный с царём Симеоном I: в 1599 г. монастырь выделил для его освобождения из турецкого плена 70 тыс. левов. В первой половине XVII в. Кватахеви вошёл в новообразованное княжество Сатархно, принадлежавшее великому моурави Георгию Саакадзе (1580–1629 гг.) и его потомкам (Тархнишвили, Тархан-Моурави). Современниками Георгия были несколько настоятелей Кватахеви: Иоанн (Авалишвили), Иосиф (Насисдзе), Захарий, Агапит (Тархнишвили). В документе 1609 г. Иоанн (Авалишвили) упомянут как настоятель Кватахеви, в 1612 г. был хиротонисан во епископа Алавердского. Иоанн (Авалишвили) был известным каллиграфом и художником. Некоторые исследователи (Сергей Несторович Какабадзе, С. Макалатия и др.) считают, что он – автор иллюминированного списка «Витязя в тигровой шкуре» Шота Руставели (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе, 1600 г.); Л. Менабде это мнение не разделяет. Около 1609 г. Иоанн переписал для царицы Кетеван акафист Пресвятой Богородице. При нём в Кватахеви были возведены две двухэтажные башни; в западной стене нижнего этажа одной из них была выполнена асомтаврули строительная надпись, в которой упомянут Иоанн (не сохранилась). Позднее в верхней части одной из башен была устроена библиотека. Настоятель Иосиф (Насисдзе) венчал в Кватахеви царя Картли Луарсаба II (1606–1614 гг.) и сестру Георгия Саакадзе (имя исследователям неизвестно); настоятель Захария принимал участие в примирении Георгия Саакадзе с князьями Джавахишвили. Великий моурави в настоятели монастыря выдвинул своего внука монаха Агапита. Потомки Саакадзе и впоследствии не раз занимали должность настоятеля монастыря. Типикон и монастырский уклад Кватахеви были приняты в других грузинских монастырях.