По сведениям грузинских историков Патона Игнатьевича Иоселиани и Дмитрия Захарьевича Бакрадзе, настоятель Кватахеви в дни праздников стоял впереди настоятеля монастыря Шуамта. Во время погребения царя Картли-Кахети Георгия XII (1798–1800 гг.) настоятель Кватахеви шёл после епископа Никозского и перед настоятелем монастыря Шуамта. В середине XVII в. при содействии царя Картли Вахтанга V (1658 – 1675/1676 гг.) и его супруги Мариам, дочери одишского князя Манучара Дадиани, с запада к храму был пристроен притвор, на его западной стене асомтаврули была высечена надпись (не сохранилась), в которой кроме царя и Мариам был упомянут настоятель Кватахеви Николай (Чхеидзе). Монастырю также покровительствовал царь Картли Георгий XI (1676–1688; 1703–1709 гг.). В 1703 г. царь Картли Ираклий I (1688–1703 гг.) в присутствии католикоса-патриарха Восточной Грузии (Мцхетского) Евдемона II (Диасамидзе; 1700–1705 гг.), картлийских тавадов (князей), епископов и настоятелей монастырей разобрал документы, касавшиеся имущественных прав Кватахеви, и подтвердил правомочность дарственных грамот монастырю. Однако возникали новые земельные споры, которые перерастали в тяжбы: сохранились судебные постановления о незаконно захваченных землях в селении Свелнети (19 ноября 1700 г.), о земельном споре между архимандритом Афанасием и Цриалашвили (24 августа 1784 г.), о споре между архимандритом Антонием и Такинашвили (2 апреля 1790 г.), а также прошение настоятеля Кватахеви Иоанна с царской резолюцией (12 марта 1764 г.). Набеги лезгинских племён опустошали Кватахеви. Монастырь периодически вдовствовал. В документе 1770 г., составленном царским двором Картли и Кахети для российских резидентов, среди пострадавших ставропигиальных монастырей Картли назван Кватахеви, «разорённый архимандритский (монастырь) Богородицы». Светская власть всецело способствовала восстановлению монастырской жизни в Кватахеви, возвращению монастырю крестьян и земель. В конце XVIII в. монастырские крестьяне были обязаны служить в ополчении и платить специальные денежные налоги, так называемые салеко (букв. – «лекские, для леков») на содержание лезгинских наёмников. В XVIII в. настоятели Кватахеви преимущественно имели сан архимандрита. Настоятель Христофор (Палавандишвили) именовался «Джврис мама» («отец Креста»), т.е. управитель владений Крестового монастыря в Иерусалиме. На окладе Четвероевангелия и «Деяний святых апостолов», переписанных на Голгофе для Кватахеви, сохранился принадлежавший ему колофон. В начале XIX в. настоятелем Кватахеви стал архимандрит Досифей (Пицхелаури), который восстановил кафоликон и другие строения, собрал паству, заботился об экономическом процветании обители. При нём монахи нашли монастырскую бблиотеку и церковную утварь, спрятанные их предшественниками во время нашествия лезгин в одной из пещер. Большинство рукописей пострадало от сырости, спасти их не удалось. В 1809 г. архимандрит Досифей был хиротонисан во епископа Урбнисского, скончался в Тифлисе в 1830 г., похоронен в тифлисском Преображенском монастыре. После ухода архимандрита Досифея из Кватахеви обитель опустела, здесь подвизался иеромонах, который воспитывал и обучал Закону Божьему детей духовного сословия.