Кацаретскую епархию (как и другие епархии Восточной Грузии, в XVII–XVIII вв.) неоднократно разоряли персы и лезгинские племена (леки). Периодически её объединяли с другими епархиями (например, с Руставской в середине XVII в.), либо она оставалась вдовствующей. В 1765 г. указом царя Картли-Кахети Ираклия II (1762–1798 гг.) и католикоса-патриарха Антония I Кацаретская епархия была упразднена. Её территории были разделены по реке Иори и переданы в управление епископу Руставскому Доментию и митрополиту Ниноцминдскому Савве. Царь Ираклий II (в документе ошибочно, по мнению исследователей, указан 1720 г.) оставил митрополиту Савве следующее распоряжение: «Когда восстановятся церкви Самеба и Додо, должно им вернуть крестьян, поместья и украшения». В 1780 г. по распоряжению царя Ираклия II митрополит Савва передал в управление земли монастырей Кацарети и св. Додо в Гареджи настоятелю Давидгареджийской лавры архимандриту Герману и настоятелю Натлисмцемели архимандриту Евфимию. Грамотой от 30 июня 1798 г. царь Картли-Кахети Георгий XII (1798–1800 гг.) подтвердил права настоятеля Натлисмцемели на земли Кацарети и повелел ему учредить в церкви свою резиденцию. В грамотах от 1791 и 1800 гг. архимандрит Евфимий назван управляющим церкви Кацарети. В грамоте 1791 г. указано, что архимандрит Евфимий отказался от спорных земель, принадлежавших Кацаретской епархии, кроме земель близ Хашми. После вхождения Восточной Грузии в состав России и упразднения автокефалии ГПЦ (30 июня 1811 г.) территории Кацаретской епархии вошли в состав Алавердско-Кахетинской (Алавердско-Телавской) епархии Грузинского экзархата ГПЦ, с 30 августа 1814 г. – Сигнахской и Кизикской, находившимися в юрисдикции архиепископа Иоанна (Макашвили), 28 декабря 1818 г. – Карталино-Кахетинской епархии, которой управлял экзарх Грузии. В настоящее время территории Кацаретской епархии находятся в юрисдикции Сагареджойско-Ниноцминдской епархии ГПЦ. Архиереи Кацаретской епархии: епископы Захария (начало VI в.), Василий Чкондидели-Уджармели (середина XIII в.), Феодор (1502–1536 гг.), Игнатий (до 1560 г.), Филипп (до 1584 г.), Иаков (Чолокашвили; 1620–1630 гг.), Захария (1640–1660 гг.), Николай (Чолокашвили; конец 1680 гг. – 1695 г.), Николай (Мдивнишвили; 1695–1710 гг.; не позднее 1701 г. – архиепископ), Иосиф (Квабулидзе; Кобулашвили; около 1711 г. – конец 1720 гг., с 1723 г. – архиепископ), Иоанн (1730–1760 гг.).