Как полагают исследователи, мозаики были также на триумфальной арке над апсидой, но сейчас эти участки стен закрыты позднейшими конструкциями, видны только фрагменты ещё одной орнаментальной ленты. Центральную часть конхи занимало изображение Богоматери с Младенцем на троне, в мандорле славы, с двумя архангелами по сторонам, на фоне райского пейзажа. Изображение правого архангела почти полностью утрачено, левая часть фигуры Богородицы и голова тоже не сохранились. Трон имеет спинку в виде лиры. Младенец с крещатым нимбом, одетый в синий хитон и кремовый гиматий, восседает на коленях Богоматери строго фронтально и держит в руках свиток. Изображение Богоматери с Младенцем как символ Боговоплощения было излюбленной темой византийской храмовой декорации в доиконоборческое время и часто помещалось в конхе апсиды. Оно фигурирует во всех трёх кипрских мозаичных ансамблях этого периода – в церкви Ангелоктисты Панагии, в церкви Панагии Киры в селении Ливади и в церкви Пресвятой Богородицы Канакарии. Иконография Богоматери с Младенцем на троне и с архангелами, как полагают исследователи, имела константинопольское происхождение и к VI в. получила повсеместное распространение (например, энкаустическая икона из монастыря великомученицы Екатерины на Синае, мозаика церкви Сант-Аполлинаре-Нуово (см. Аполлинария священномученика базилики в Равенне), мозаика базилики Евфрасия в Порече и др.). Особенностью мозаики церкви Пресвятой Богородицы Канакарии исследователи считают мандорлу, окружающуюя не только Младенца, но и Богородицу. Мандорла является знаком Божественной сущности Христа. Как полагает М. Сакопуло, появление в мозаике церкви Пресвятой Богородицы Канакарии мандорлы, включающей фигуру Богоматери, является отражением борьбы с монофизитством, распространённым на близких к Кипру территориях Сирии и Египта. Ещё один элемент композиции, обычно сопровождавший изображения Христа во славе в апсидах раннехристианских церквей, – райский пейзаж (фигуры архангелов фланкируют деревья, напоминающие пальмы). Медальоны с образами апостолов соединены лентой растительного орнамента в виде побегов аканфа. С северной стороны арки сверху вниз располагались изображения апостолов Павла (повреждённое), Андрея, Матфея, Фаддея, Марка, Фомы, с южной стороны в двух верхних несохранившихся медальонах – по мнению исследователей, Петра и Иоанна и затем Филиппа (образ сохранился наполовину), Луки (плохой сохранности), Иакова и Варфоломея. В зените арки должен был быть 13-й медальон, в котором могла размещаться хризма. Каждое изображение сопровождает разделённая на два столбца надпись с именем. Все апостолы представлены на синем фоне, облачены в разноцветные хитоны и гиматии; евангелисты держат в руках Евангелия. Иконография образов апостолов в церкви Пресвятой Богородицы Канакарии соответствует сложившейся к VI в. традиции (ср. мозаики церкви Сан-Витале в Равенне, базилики монастыря великомученицы Екатерины на Синае и др.). Сочетание изображений апостолов с центральной композицией, по мнению исследователей, восходит к переработанной раннехристианской иконографии «Вознесения» – «Второго пришествия». О том, что такие алтарные композиции были, свидетельствуют ампулы Монцы 1, 10, 11 и Боббио 13 (согласно нумерации А. Грабара), римские мозаики (церковь Сан-Венанцио, VII в.), фрески Бауита (VI в.), коптская ткань из Музея искусств в Кливленде (VI в.).