По одной из версий предания, кровь источал мозаичный образ Богоматери, пронзённый арабом. Подобное чудо с неким кипрским образом известно исследователям по средневековым источникам, однако его связь с церковью Пресвятой Богородицы Канакарии не может быть доказана и, скорее всего, как полагают исследователи, является предположением собеседника Я.И. Смирнова. Турецкая этимология названия церкви также не выдерживает критики, поскольку название закрепилось за храмом задолго до османского завоевания. Перед храмом имеется двор, в который с запада ведут ворота. С южной стороны двор замыкает двухэтажное здание в традиционном кипрском стиле (его западная часть в настоящее время находится в руинированном состоянии). Ниже расположены каменные стойла и складские помещения, выходящие в крытый портик с аркадой из низких стрельчатых арок, над ними – кельи, к которым ведёт внешняя лестница. С северной стороны двора находятся развалины одноэтажных зданий. Остатки более ранних построек видны также в других местах двора. Южный корпус, как полагают исследователи, построен на основании более древнего, а с западной стороны, возможно, был ещё ряд келий. С восточной стороны двора стоит церковь, вокруг которой есть несколько захоронений. Вход в комплекс, как полагают исследователи, долгое время был с южной стороны церкви, поскольку там сооружён притвор и с этой же стороны есть проём в ограде, выходящий на дорогу. Здание церкви представляет собой трёхнефную трёхапсидную базилику с добавленными позднее нартексом с запада и купольным притвором на колонках со стороны южного фасада. Над средней частью центрального нефа расположен купол на высоком барабане с четырьмя окнами. Вима и центральная ячейка нартекса перекрыты низкими куполами без барабанов, западная и восточная части центрального нефа и боковые нефы – цилиндрическими сводами. Боковые части нартекса имеют поперечные (относительно оси базилики) цилиндрические своды. На восточной стене сохранились остатки фресок. Из нартекса в наос вели три двери, северная заложена. Центральный неф отделён от боковых столбами, несущими узкие аркады; некогда к столбам примыкали плоские пилястры, поднимавшиеся до сводов. На столбах, в софитах арок и на стенах над аркадами остались фрагменты росписей. От первоначального убранства храма сохранились мозаики в апсиде. Полное систематическое изучение памятника стало возможным после реставрационных работ, проведённых по инициативе архиепископии и Департамента древностей Кипра. После землетрясения 1941 г. некоторые участки кладки в восточной части церкви и в куполе были укреплены бетоном. В 1949 г. то же было сделано в западной части здания. В 1950 г. реставрационные работы возглавил А.Х.С. Миго. В 1950 г. он раскрыл большую часть мозаик, в 1952 и 1954 гг. расчистил и укрепил их. Работы были завершены в 1970 г. Исследования, проведённые во время реставрации, позволили исследователям воссоздать сложную историю строительства церкви Пресвятой Богородицы Канакарии. Согласно реконструкции А. Миго, первоначальная церковь была возведена в конце V в. и представляла собою трёхнефную базилику со стропильным перекрытием, с одной или тремя апсидами, с колоннадами, разделявшими нефы, и, как полагают исследователи, с атриумом. В апсиде базилики находились епископский престол и синтрон (их убрали между 1914 и 1920 гг., но их изображения были опубликованы Я.И. Смирновым). Синтрон не был полукруглым: к трону вели три широкие прямые ступени. Формы нескольких капителей, оставшихся от колонн первоначальной базилики, также соответствуют датировке конца V в.