В самом начале его правления Бонифаций основал в Германии три епископские кафедры – в Вюрцбурге, где епископом стал св. Бурхард, в Бюрабурге (близ современного Фрицлара), куда был назначен Витта, и в Эрфурте. На землях, подаренных Карломаном, Бонифаций основал монастырь Фульда. В 742 г. Бонифаций сообщил папе Захарии, что Карломан предложил созвать епископов подчинённой ему части королевства, обещая способствовать восстановлению церковной дисциплины. Испрашивая разрешения папы на проведение совещания франкских епископов, Бонифаций перечислил основные вопросы, которые он хотел вынести на обсуждение. Папа Захария одобрил это начинание. В апреле 742 или 743 г. под руководством Бонифация состоялся так называемый Германский собор (Concilium Germanicum). Хотя Собор был созван по указанию Карломана и по благословению папы Римского, бóльшая часть епископов Австразии уклонилась от участия в нём. На Соборе присутствовало всего шесть епископов, трое из них были англосаксами, помощниками Бонифация (Бурхард Вюрцбургский, Витта Бюрабургский и св. Виллебальд, впоследствии епископ Айхштеттский). Поддержка церковных реформаторов светской властью проявилась в том, что решения Собора были изданы Карломаном в форме капитулярия. Соборные постановления должны были способствовать «восстановлению Божьего закона и церковного благочестия» (quomodo lex Dei et ecclesiastica religio recuperetur). В принятых решениях говорилось о ежегодном проведении Соборов, о возвращении церкви несправедливо отчуждённого имущества (fraudatas pecunias ecclesiarum ecclesiis restituimus et reddidimus), о проведении епископами визитаций диоцезов, о ежегодном отчёте пресвитеров перед епископом, о запрещении клирикам носить оружие и жить с женщинами и т.д. Духовенству напоминалось о необходимости искоренять остатки языческих верований, монахи были обязаны соблюдать бенедиктинский устав. Следующий Собор открылся 1 марта 743 или 744 г. в Лифтинах (ныне Эстин, Бельгия). Количество и имена участников исследователям неизвестны; кроме епископов присутствовали пресвитеры и диаконы, а также должностные лица («комиты и префекты»). Принятые решения (о дисциплине духовенства, о браке, о запрещении языческих обычаев и т.д.) частично повторяли постановления Германского собора. Одним из актуальных вопросов было возвращение церковных земель. Собор постановил, что земли, захваченные мирянами, могут оставаться в их распоряжении при условии ежегодных выплат законному владельцу – епископской кафедре, монастырю и т.д. Это решение обосновывалось военными нуждами, которые удовлетворялись за счёт доходов с церковных земель. Лифтинские постановления приложены к решениям Германского собора в изданном Карломаном капитулярии. Участники обоих Соборов поддержали св. Бонифация, который считал, что церковь в королевстве франков находилась в упадке. Исправление нравов духовенства и восстановление канонических порядков было насущной необходимостью, т.к. неудовлетворительное положение церкви в обществе препятствовало спасению христианского народа – жителей государства франков.