Многие сёстры поселились в Калуге, служили псаломщицами, регентами в городских храмах, посещали Богоявленскую церковь, в которой служили бывшие монастырские клирики священник И.А. Протопопов и дьякон Иван Зарецкий. 27 мая 1931 г. И.А. Протопопов, И. Зарецкий, игуменья Ангелина и монахини бывшей обители (больше 43 человек) были арестованы и обвинены в создании «контрреволюционной группировки церковников, ведущей ярую антисоветскую агитацию с целью восстановления царского строя», а также в помощи ссыльному духовенству. Решением тройки при ПП ОГПУ по Московской области от 28 июня 1931 г. на основании ст. 58-10-11 УК РСФСР И.А. Протопопов, И. Зарецкий, игуменья Ангелина и несколько монахинь были приговорены к пяти годам исправительно-трудовых лагерей с заменой их высылкой в Казахстан. С 1926–1927 гг. в Казанском соборе монастыря размещался Государственный архив Калужской области. Во время немецкой оккупации Калуги на территории монастыря был устроен концлагерь, в котором содержались 154 заключённых, при отступлении немецких войск из города его подожгли. Казанская церковь пострадала при обстрелах. В 1960 гг. к алтарю храма был пристроен двухэтажный корпус для читального зала и рабочих кабинетов Государственного архива Калужской области. По воспоминаниям горожан, в 1960 гг. в Калуге проживала бывшая насельница Калужского  монастыря монахиня Иринея, вернувшаяся из заключения. В 1992 г. в Калуге сложилась женская община. Решением Священного Синода РПЦ от 26 декабря 1995 г. Калужский  монастырь был возобновлён. С 1996 г. в здании монастыря размещается епархиальное женское училище (с 7 июля 2002 г. – Калужское духовное училище) с пансионом на сорок человек и православная гимназия. 3 августа 1995 г. сёстрам передали здание бывшего духовного училища, в котором 25 ноября 1995 г. был освящён храм во имя Гурия Казанского, совершаются монастырские богослужения. С 1992 г. ежегодно 21 июля из Гуриевского храма в Троицкий кафедральный собор отправляется крестный ход с Казанской иконой Божьей Матери. В монастыре хранятся святыни: ковчег с мощами Гурия Казанского, иконы с мощами Серафима Саровского, Нила Столобенского, Оптинских старцев, святителей Иоанна Суздальского, Иоанна Тобольского, Игнатия Ростовского, Филарета (Дроздова) и Иннокентия Московского. В Калужском  монастыре проживают игуменья Анастасия (Мордмилович) и около 30 сестёр. Насельницы служат в благотворительной миссии «Православный самарянин» при Калужском епархиальном управлении. Для нуждающихся и престарелых монастырь через миссию организует бесплатные соборование, крестины, освящение жилья, отпевание в монастырском храме Гурия Казанского, на дому, в больницах, доме престарелых, детских санаториях, приюте и других местах.