Передал библиотеке училища полный комплект своих изданных трудов, а после возвращения в Санкт-Петербург позаботился об издании китайской грамматики, которая была опубликована в 1838 г. Эта грамматика стала незаменимым учебником для училища и для будущих синологов и принесла автору Демидовскую премию (1839 г.). Обучал китайскому языку будущих членов Пекинской духовной миссии. Иакинф стал основоположником научного китаеведения в России, изучал не только историю страны, но и современный ему Китай. Пользовался огромным авторитетом как в России, так и за границей, где его считали первым знатоком Китая, несмотря на некоторые критические замечания в его адрес отечественных и зарубежных ориенталистов (например, Юлиуса Клапрота). Иакинф критиковал упрощённые западнические взгляды на восточную культуру, защищая её древность и самоценность. Называл китайцев единственным в мире народом, «у которого философия, к необыкновенному удивлению Европы, связана с религией самыми тесными узами». Выполняя различные поручения по службе, Иакинф всё свободное время посвящал научным занятиям, которые не прекращал и во время пребывания в ссылке. Пользовался не только оригинальными сочинениями на китайском языке, но и архивными материалами на русском языке, в том числе поступавшими в Азиатский департамент. Оставил немало фундаментальных трудов по истории, географии и этнографии народов Китая, Центральной и Средней Азии, Южной Сибири и Дальнего Востока. Среди основных направлений его исследований важное место занимало изучение истории народов, населявших сопредельные с Китаем регионы в эпоху древности и Средневековья (преимущественно в Х–ХIII вв.). В этой связи Иакинф писал: «Цель всех изданных мною разных переводов и сочинений в том состояла, чтоб предварительно сообщить некоторые сведения о тех странах, чрез которые лежат пути во внутренность Китая». Было опубликовано больше десяти книг Иакинфа (не считая переводов), которые издавались не только на русском, но и на западноевропейских языках. Вместе с большим числом опубликованных статей и рукописей они составляют исключительно важное и ценное по проблематике научное наследие. Иакинф перевёл свод конфуцианских текстов «Сы шу» («Четверокнижие») и сборник классических текстов «Сань-цзы-цзинь», или «Троесловие», которые использовались в Китае в качестве школьных учебников. В 1828–1829 гг. опубликовал ряд крупных работ, в частности, переводы с собственными комментариями «Описания Тибета в нынешнем его состоянии», «Описания Чжуньгарии и Восточного Туркестана в древнем и нынешнем состоянии» и «Описания Пекина, с приложениями плана сей столицы, снятого в 1817 г.». Тогда же вышли его сочинения «История первых четырёх ханов из дома Чингисова» и «Записки о Монголии», в которых излагались история Монголии по китайским источникам, опровергающим многие идеи западных ориенталистов, современное положение, законодательство, культура, религия, география страны. В 1834 г. за книгу «Историческое обозрение ойратов или калмыков с XV столетия до настоящего времени» Иакинф получил Демидовскую премию. Работа удостоилась похвалы Александра Сергеевича Пушкина, который писал об авторе, что его «глубокие познания и добросовестные труды разлили столь яркий свет на сношения наши с Востоком». Поэт использовал книги Иакинфа в исторических работах, прежде всего, в «Истории Пугачёва».