В течение 1808–1809 гг. изучал китайский, маньчжурский, монгольский языки, занимался переводом краткого катехизиса, изложения греко-российского православного учения, краткой Священной истории на китайский язык. Из-за тяжёлых условий существования, недостаточного денежного обеспечения миссионерская деятельность в Китае не получила развития. Тогда Иакинф сосредоточился на изучении истории народов Центральной и Средней Азии на основе широкого круга источников на восточных языках. Его переводческая деятельность была продуманна и научно обоснована. Прежде всего, он занимался переводами китайских исторических и географических сочинений, затем юридических, медицинских, экономических, нумизматических, религиозных и других трудов. Одновременно готовил многотомные оригинальные китайско-русские и маньчжурско-русские словари, перевёл на русский язык маньчжурско-китайский словарь (сохранился в рукописях), с предельной точностью составлял карты Пекина, Монголии, Тибета. Эти занятия настолько увлекли Иакинфа, что он просил (через иркутского губернатора Николая Ивановича Трескина) оставить его в Пекине на второе десятилетие для завершения научных трудов. Уехал из Пекина 15 мая 1821 г. После прибытия в Иркутск отправил в Санкт-Петербург 14 ящиков с книгами на китайском и маньчжурском языках. Приехал в Санкт-Петербург в январе 1822 г. В одном из писем Иакинф подводил итоги деятельности: «...Целые тринадцать лет занимаясь познанием Китая, я один сделал в пять крат более, нежели все прошедшие миссии в течение ста лет». За нерадивое исполнение обязанностей в духовной миссии (в том числе за продажу церковной утвари для уплаты долгов) решением консисторского суда от 24 августа 1823 г. Иакинф был лишён сана архимандрита и в качестве простого монаха отправлен на вечное жительство в Спасо-Преображенский Валаамский монастырь. В 1826 г. по ходатайству его друзей писателя и дипломата Егора Фёдоровича Тимковского и Павла Львовича Шиллинга, историка-востоковеда, служивших в Министерстве иностранных дел, Иакинфу было разрешено вернуться в Санкт-Петербург. 1 ноября того же года поселился в Александро-Невской лавре. В соответствии с решением императора Николая I (по докладу министра иностранных дел Карла Васильевича Нессельроде) причислен к Азиатскому департаменту Министерства иностранных дел в качестве переводчика. В 1830 г. в связи с командировкой П.Л. Шиллинга в Восточную Сибирь для ознакомления с процессом русско-китайской торговли Иакинф отправился в Кяхту, где наряду с выполнением поручений по научной части организовал обучение 12 детей кяхтинских купцов и мещан китайскому языку. На экзамене в присутствии членов Пекинской духовной миссии, вернувшихся в Россию, дети показали хорошие результаты. В 1831 г. из-за болезни П.Л. Шиллинга уехал из Кяхты, отправился через Томск и Змеиногорск в Семипалатинск для сбора сведений о русской торговле с цинским Китаем. Следуя затем через Оренбург, Казань, Москву, вернулся в Санкт-Петербург. После решения правительства создать в Кяхте четырёхлетнее училище китайского языка в целях улучшения кяхтинской торговли при помощи квалифицированных переводчиков Иакинф вновь отправился в Кяхту. 16 мая 1835 г. принял участие в торжественном открытии кяхтинского училища, ставшего первым в России учебным заведением, программа которого предусматривала обучение китайскому языку.