Всего в конце 1940 гг. было выявлено в Рязанской, Липецкой, Горьковской и Владимирской областях не менее 20 тайных церквей и скитов михайловцев, где проживало около 100 человек. В 1950 г. по групповому делу михайловцев было осуждено более 20 активных участников. В конце 1940 – начале 1950 гг. в Чувашии были раскрыты катакомбные общины андреевцев. В 1947 г. в Цивильском районе арестовали тайного священника Алексея Корнилова, позднее там же – тайных иеромонахов Митрофана (Васильева) и Гурия (Павлова). В городе Цивильске в зданиях закрытого Тихвинского монастыря, где размещался детский дом, обнаружили комнаты, в которых жили насельницы тайного женского монастыря. Его настоятельницей была престарелая монахиня Анастасия (Федотова). По данному групповому делу к уголовной ответственности были привлечены десять сторонников истинно православных христиан. В 1950 г. в городе Балашове Саратовской области был арестован окормлявший местные тайные общины священник Тихон Голынский (при задержании имел документы на имя И.И. Михайловского). На следствии он признал, что являлся руководителем «антисоветской организации последователей Истинно православной церкви». Как утверждал Тихон Голынский, в 1939 г. в Ухтинско-Печорском лагере его хиротонисали во епископа под именем Антоний находившиеся в заключении епископы Вассиан (Пятницкий), Ювеналий (Машковский) и Агафангел (Садовский; епископ андреевского поставления). Тогда же на совещании 12 архиереев разной церковной ориентации, отбывавших наказание в лагере, Тихон Голынский, по его словам, получил указание на свободе стать во главе ИПЦ. Факт этой хиротонии ничем не подтверждается. Кроме того, Тихон Голынский давал на следствии противоречивые показания, признаваясь вначале, что путём подлога выдавал себя в нелегальных общинах за иеромонаха. По всей видимости, дело «антисоветской организации церковников ИПЦ» было полностью сфабриковано органами МГБ для предполагавшихся массовых репрессий против верующих. В 1954 г. Т. Голынский обратился с письмом к Никите Сергеевичу Хрушёву, в котором заявил, что все его показания на следствии были «выбиты силой и не соответствуют действительности». Т. Голынский просил Н.С. Хрущёва освободить его из лагеря и назначить «епископом Православной Церкви по болезни в Крым или Кавказ или Среднюю Азию». После освобождения Т. Голынский стал основателем нового течения среди катакомбных общин – голынцев, или антоньевцев. После смерти И.В. Сталина в 1953 г. репрессии против истинно православных христиан ослабевают, но не прекращаются. Так, например, в августе-сентябре 1956 г. в Темиртау и Караганде (Казахстан) были организованы общественные суды над 41 активистом истинно православных христиан, в том числе шестью руководителями групп. Больше половины из них были приговорены к выселению из области на пять лет, некоторые члены общин были лишены родительских прав. Тем не менее, в середине 1950 гг. большинство религиозных активистов, находившихся в заключении, вышли на свободу. Это привело к всплеску активности истинно православных христиан. С возвращением из лагерей проповедников-федоровцев А. Арепьева и А. Иващенко возродилась их секта. А. Арепьев тайно проповедовал и выискивал последователей истинно православных христиан в Ростовской, Иващенко – в Воронежской области.