О стремлении Исаии к пустынножительству свидетельствуют обстоятельства последнего года его жизни. Пребывая на покое, будучи тяжело больным, Исаия утешался единственным – общением с преподобным Серафимом в Дальней пустыньке, куда его привозил на тележке келейник послушник Иона (впоследствии саровский игумен Исаия (Путилов)). 27 ноября 1806 г. сильная болезнь привела Исаию «в совершенное изнеможение». 12 декабря Исаия призвал братию в свою келью и объявил о намерении оставить должность, о чём вскоре подал прошение Тамбовскому епископу Феофилу. Но архиерей ответил отказом, даже намеревался в случае ухода Исаии на покой назначить на должность саровского строителя насельника другого монастыря. Однако 5 января 1807 г. епископ разрешил братии избрать нового строителя, и 7 января Исаия вместе с иноками избрал казначея иеромонаха Нифонта (Черницына) и представил архиерею на утверждение выборный лист. 21 января 1807 г. епископ Феофил утвердил кандидатуру Нифонта как исполняющего должность строителя, а Исаии предписал оставаться в звании строителя. Вторичное представление последовало в феврале того же года. Вскоре после оставления должности строителя Исаию разбил левосторонний паралич, отказали ноги. Исаия был погребён в левой части алтаря Успенского собора, рядом с могилой иеромонаха Пахомия (Леонова). В 1951 г. храм был взорван, захоронение Исаии не сохранилось. Исаия представлен на гравюре середины XIX в., которая была выполнена, очевидно, на основе прижизненного изображения и отпечатана в виде отдельного листа (Исторический музей; из собрания Прасковьи Сергеевны Уваровой), а также помещена в книге: Авель (Ванюков), иеромонах. «Общежительная Саровская пустынь и достопамятные иноки, в ней подвизавшиеся». М., 1853 г. Исаия изображён вполоборота влево, по пояс, в мантии и клобуке, опирается на игуменский посох; у него тонкие черты лица, проницательный взгляд, большая окладистая борода, брови сведены к переносице. Гравюра послужила оригиналом для повторений в технике литографии, включённых в саровские издания второй половины XIX в., например, для эстампа 1870 г. московской мастерской А.В. Морозова (Центральный музей имени Андрея Рублёва). Существовали и другие портреты Исаии. Исследователям известно, что в 1831 г. преподобный Антоний (Путилов) в письме из Оптиной пустыни просил брата иеромонаха Исаию (Путилова) о заказе изображений четырёх известных саровских старцев – игуменов преподобного Назария (Кондратьева) и Исаии, преподобных Серафима и Марка («...всех в малом виде на одной картине величиною не более в аршин...»).