В 1803 г. штат монашествующих был увеличен на 20 человек, общее число с 13 больничными монахами составило 63 человек (кроме послушников). При Исаии Саровская пустынь стала славиться как «рассадник истинного монашества», ежегодно опытные саровские насельники отзывались в другие российские монастыри. Так, в 1796 г. преподобному Серафиму предложили возглавить алатырский во имя Святой Троицы монастырь с возведением в сан архимандрита. Он отказался ехать в эту обитель, и туда был послан иеромонах Авраамий Алатырский. После перевода в 1796 г. казначея иеромонаха Маркеллина настоятелем новгородского Клопского монастыря 28 июля того же года Исаия писал Тамбовскому епископу Феофилу, что скорбит о «лишении первого и лучшего своего помощника, разделявшего с ним тягость первых годов настоятельства». В ответ епископ Феофил порадовался, что Саровская пустынь «прославляется примерным образом жизни», и провидчески поскорбел, «что обители небезопасно страшным упадком, если избранных разберут, которых везде, по слову евангельскому мало, и оставят только званых». За советом к Исаии (а не к саровскому игумену Исаии II (Путилову), с которым его иногда отождествляют) обращалась первоначальница екатеринбургского (Новотихвинского) монастыря Татьяна Алексеевна Митрофанова (игуменья Таисия). В начале XIX в. Исаия передал Т.А. Митрофановой Саровский устав и отправил Пермскому епископу Иустину (Вишневскому) ходатайство об учреждении в городе Екатеринбурге общежительной женской обители. В 1802 г. Т.А. Митрофанова передала привезённый ей Саровский устав епископу Пермскому Иустину (Вишневскому), который утвердил его. Многолетняя дружба связывала Исаию с архиепископом Астраханским Никифором (Феотоки). Пребывая на покое в Даниловом московском монастыре, Никифор (Феотоки) переписывался с саровским строителем. Исаия способствовал расцвету саровского пустынножительства: при нём в лесных хижинах вдали от монастыря подвизались иеросхимонах Дорофей, монах Мефодий (схимонах Марк Молчальник), игумен Назарий (Кондратьев) и др. Преподобный Серафим удалился в дальнюю пустынную келью по бессрочному отпускному билету, выданному 20 ноября 1797 г. Исаией со словами: «...Впредь ему никому не препятствовать пребывание иметь в оном месте, утверждаю… Для верности печать прилагаю». После разбойного нападения окрестных крестьян на преподобного Серафима в сентябре 1804 г. Исаия, «любя преподобного и заботясь о нём», настоятельно рекомендовал ему оставаться в монастыре. Однако преподобный Серафим, прожив в обители около пяти месяцев, стал уговаривать Исаию вновь отпустить его в пустынь. Строитель уступил «христианской неустрашимости духа и любви к пустынножительству». Когда нападавшие были найдены, старец убедил Исаию «не взыскивать с них».