Именно Исаия стал восприемником при пострижении в мантию (13 августа 1786 г.) преподобного Серафима Саровского. Вместе с иеромонахом Пахомием (Леоновым) Исаия духовно окормлял старицу преподобную Александру Дивеевскую (Мельгунову), основательницу Дивеевской общины. Незадолго до её кончины (ум. 13 июня 1787 г.) Дивеево посетили проезжавшие мимо по служебным делам Исаия, строитель Пахомий (Леонов) и иеродиакон Серафим. По просьбе больной Александры подвижники совершили таинство елеосвящения. Перед кончиной старица завещала им «не покидать неопытных послушниц её в попечении». Перед смертью иеромонах Пахомий (ум. 6 ноября 1794 г.) рекомендовал братии Исаию в качестве своего преемника. 12 ноября Исаия был избран строителем пустыни (казначеем при этом стал иеромонах Маркеллин). Выбор был подтверждён распиской 25 монахов; среди подписей есть автограф и преподобного Серафима Саровского (Центральный государственный архив Республики Мордовия) – редкий, возможно, единственный, случай, когда преподобный подписал документ. 16 декабря 1794 г. указом епископа Тамбовского и Пензенского Феофила (Раева) Исаия был утверждён в должности строителя. При нём в Саровской пустыни были выстроены двухэтажная каменная кузница с помещениями для слесарей (1799 г.), новый конный двор (1801 г.), перестроены ворота под склад, надстроены больничные кельи, восточный корпус (1798–1800 гг.) и три восточные башни (1802–1803 гг.). В 1795 г. обитель закупила коров для нового скотного двора, устроенного на месте мельницы Масленковой (пустыньку стали называть Маслихой; ныне больничный городок в городе Сарове). В пустыньках Маслихе, Сатисской Ватажке, Дальней и др. Исаия завёл пчельники. В 1799 г. завершилось возведение колокольни, оставшейся недостроенной после иеромонаха Пахомия. Постройка, выдержанная в классическом стиле, образовывала архитектурную доминанту монастырского комплекса. 1 октября 1806 г. Исаия освятил на колокольне церковь во имя Николая Чудотворца. Будучи хорошим хозяйственником, Исаия продолжал соблюдать саровскую традицию раздачи нуждающимся избытков монастырских доходов. 1 октября, в праздник Покрова Пресвятой Богородицы, после окончания литургии нищие собирались на гостином дворе, и насельники выдавали им полушубки, кафтаны, сапоги, рукавицы и др. По свидетельству иеромонаха Ефрема (Короткова), главной отличительной чертой Исаии была «простодушная кротость, но не без смиренномудрия». Слава о добродетелях Исаии достигала отдалённых мест, привлекая к нему большое число иноков и мирян. Старец-строитель советовал «сидети иноку хотящему спастися в келии своей», подвизаться в непрестанной молитве, «воздерживати чрево свое от брашен» и «язык от многоречия».