Строительные работы велись усилиями самих иннокентьевцев. Иннокентий отводил монастырю ключевую роль в распространении новой веры. Осле завершения строительных работ монастырские пещеры оказались полностью заселёнными верующими. В отсутствие Иннокентия непосредственно руководство общиной осуществляли так называемые апостолы, в числе которых были брать проповедника Семён и мать София. Из Муромского монастыря, где Иннокентий находился в окружении своих сторонников («апостолов и мироносиц») он хотел уйти при помощи оставшихся на свободе единомышленников. Он посылал им (в том числе матери Софии и брату Семёну) письма с просьбами вызволить его из плена. В декабре 1912 г. около 2 тыс. человек, некоторые с малолетними детьми, отправились выручать «своего святого». В дороге люди, особенно дети, гибли от холода, голода и болезней; вспыхнула эпидемия тифа. «Апостолы» продолжали собирать взносы для освобождения Иннокентия. Только в один день ему «было вручено 2300 рублей, преподнесена чаша за 1032 рублей и облачение за 1100 рублей». Прибывшие в обитель иннокентьевцы 5 февраля 1913 г. заставили игумена Меркурия освободить Иннокентия и разграбили монастырские кладовые. Затем иннокентьевцы двинулись к Каргополю, где Иннокентий был арестован за сопротивление властям. При аресте у Иннокентия отобрали его живописный портрет, на котором он был изображён с царской державой в одной руке и с крестом в другой. 8 февраля 1913 г. Иннокентия отправили в тюрьму города Петрозаводска, а его сторонников – на родину специальным поездом, в дороге было организовано горячее питание, в поезде был санитарный вагон. «В дороге они соблюдали строгий пост без рыбы, в скоромные дни совсем не употребляли мяса, медицинской помощи избегали. Все они верили только Иннокентию, “который единственно правдивый проповедник, бесстрашный молитвенник, выше всех священников и архиереев, какого не было и не будет во всём мире, всеведущий пророк, знающий кончину мира”». В конце февраля иннокентьевцы были доставлены к месту жительства. В Кишинёв прибыли 308 человек; после беседы с ними архиепископ Серафим (Чичагов) настойчиво рекомендовал в приходах с молдавским населением совершать богослужения и проповедовать на молдавском языке, «считая при этом, что не язык стал катализатором движения, а сложная совокупность факторов, в том числе мистицизм, слабость местного духовенства, сильное влияние монашества». В отношении определения движения мнения разделялись между близостью к «хлыстовству и разновидностью древней ереси Монтана». 30 июня 1913 г. в храме петрозаводской тюрьмы Иннокентий принёс покаяние в «диавольском прельщении ума, в установлении самочинных постов, в запрещении есть мясо, и особенно свинину, в суеверии о служении сорок панихид в храмах на сборные с мира деньги по душам мёртворождённых младенцев, что могло заменить им крещение, в наставлениях женщинам стричь волосы, в преувеличении роли своих видений, что порождало легенды у последователей». Особо он сокрушался «по поводу своих действий по изгнанию бесов и лечения бесноватых, приведших к окружению штатом молодых мироносиц и поклонниц, проявлявших нередко буйство и одержимость». Заключение в тюрьму расценил «как заслуженную кару, призывал последователей не собирать деньги на помощь ему и строительство подземного монастыря».