Первоначально иннокентьевцы осуществляли свои тайные моления в православных храмах; призывали местное население разорвать семейные и имущественные узы и готовиться к встрече с Господом. Неофиты распродавали имущество, жертвуя вырученные деньги на создание монастыря Святого Духа. Главным обличителем иннокентьевцев выступил архиепископ Кишинёвский и Хотинский Серафим (Чичагов), который вызвал комиссию из Синода. Указом Синода предписывалось пресечь слухи о святости Иннокентия и «принадлежности его к Святой Троице». В 1910 г. Иннокентий был переведён под надзор в Свято-Троицкий монастырь Каменец-Подольской губернии, а в феврале 1912 г. с запрещением в священнослужении и чтения проповедей отправлен в Олонецкую губернию, в Муромский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь. Однако, находясь в ссылке, продолжал руководить своими последователями. Приверженцы Иннокентия стали называть его апокалиптической «Омегой» (Откр. 1:8), поскольку с буквы «О» начинались названия Онежского озера и губернии, куда он был сослан. К этому времени секта расширилась: Иннокентия поддерживали иеромонах Феодосий из Цыганештского скита Оргеевского уезда Бессарабской губернии и его ученики иеромонахи Герасим и Геннадий из Архиерейского сада (близ Кишинёва). За сектой закрепилось название «иннокентьевцы» (прежде – «Балтское движение»). Среди сектантов преобладали молдаване, считавшие Иннокентия «святым человеком», проповедующим на их родном языке. Иннокентий учил, что Бог – это грозный и беспощадный Судия, наказывающий людей курящих, пьющих, мало молящихся, не жертвующих на обители. Из-за людских грехов в их животы вселялся дьявол: некоторые люди начинали икать, с другими случались судороги с потерей сознания и т.п. Считалось, что освобождение от дьявола возможно только при отказе от порочных пристрастий, при усиленных молитвах, после отчитки, паломничеств по монастырям и пожертвований. Для изгнания беса Иннокентий требовал совершать крестное знамение «медленно, нанося твёрдые удары по телу», прежде всего, в подложечную область (с его точки зрения, главное место пребывания дьявола), и особым образом: «Три перста должны были быть прочно прижаты друг к другу, чтобы бес не мог проскочить между ними». Волосы на головах у женщин остригались и выбрасывались как нечистые, выросшие новые освящались Иннокентием и назывались «иннокентьевскими». Последователи Иннокентия отвергали медицину, поскольку считали, что врачи не от Бога, «ибо как врач может даровать жизнь больным, если сам смертен?». Единственными лечебными средствами, которые благословил к употреблению Иннокентий, были елей, воск и вода. Поэтому обычно иннокентьевцы выбирали колодец или копали новый, освящали его, ставили над ним крест, окрашенный в белый цвет, и не разрешали использовать эту воду ни в каких других целях, кроме питья. Они отказывались от собственности, называли друг друга братьями и сёстрами, целовали при встрече в плечо и дули в лицо «для изгнания злого духа». На подаренных Иннокентию тремя братьями Мордари, названными иннокентьевцами «Троицей», 50 десятин земли в селе Липецком Ананьевского уезда Херсонской губернии (ныне Котовский район Одесской области) был устроен подземный монастырь иннокентьевцев, рассчитанный на несколько тысяч человек, который получил название «Новый Иерусалим» или «Гефсиманский» («Райский сад»).