Ещё более радикальной позиции придерживался Ж.-Б. Шабо, отрицавший историческое существование Иоанна Марона. Подробный критический разбор источников, относящихся к Иоанну Марону, осуществил яковитский исследователь М. Муса. Современные исследователи (К. Салиби, О. Жирар) рассматривают легенду об Иоанне Мароне как отражение церковно-политических устремлений маронитской элиты XV–XVIII вв. В маронитской рукописной традиции Иоанну Марону атрибутируется ряд произведений: анафора, «Изложение веры», вопросо-ответы против монофизитов и несториан, «О священстве», толкование на литургию апостола Иакова и послание о Трисвятом. Возражения против принадлежности Иоанну Марону некоторых из них высказывал ещё И.С. Ассемани. По предположению Ж.-Б. Шабо, часть этих трудов мог составить маронит Ибрахим аль-Хакиляни в XVII в. Маронитский учёный М. Брейди, осуществивший критическое издание «Изложения веры», вопросо-ответов и трактата «О священстве», считал их и анафору подлинными. М. Муса опровергает факт написания Иоанном Мароном анафоры и «Изложения веры», возводя их к яковитским источникам, и считает трактат «О священстве» принадлежащим перу Моисея бар Кефы (IX в.), а толкование литургии – переработкой соответствующего сочинения Дионисия бар Салиби (XII в.). Упоминания о почитании Иоанна Марона в маронитской литургической традиции исследователи обнаруживают начиная с XVI в. В наиболее раннем маронитском календаре, который приписывается аль-Килаи, под 9 февраля указана память «патриарха Мар Марона». Согласно календарю рукописного Миссала 1536 г., в этот день использовалась анафора, которая атрибутировалась Иоанну Марону. Под этим же числом память «Мар Марона» или «патриарха Мар Марона» указана в календаре XVI в. и в печатном Часослове 1624 г. По мнению ряда исследователей (Ж. М. Соже, М. Муса), имеется в виду преподобный Марон, однако исследователи не исключают, что в календарях сохранилась ранняя (до XV в.) форма имени Иоанна Марона. Например, Истифан ад-Дувайхи указывал, что Иоанн Марон сам установил другой день памяти преподобного Марона – 5 января. Совмещение образов Иоанна Марона и преподобного Марона (о котором маронитам стало известно лишь в XVII в.) привело к смешению их почитания. В печатном Миссале 1716 г. под 9 февраля указана память как преподобного Марона, так и «Мар Иоанна, прозванного Мароном, патриарха Антиохийского». Об особом почитании маронитами памяти «святого Марона» 9 февраля исследователям известно из документов папской курии. В XVIII в. проблема усложнилась в связи с дискуссией между маронитами и иерархами Мелькитской католической церкви, которые настаивали на прекращении почитания Иоанна Марона, как еретика-монофелита. Вмешательство Конгрегации пропаганды веры не разрешило спора, т.к. Папский престол одобрил почитание преподобного Марона и запретил почитание монофелита Марона, не касаясь вопроса об Иоанне Мароне и о его тождестве с еретиком-монофелитом (булла папы Бенедикта XIV от 12 августа 1744 г.). В 1787 г. для Иоанна Марона был установлен отдельный день памяти – 2 марта.