Вернувшись в Сирию, Иоанн Марон искоренил монофелитство и обратил в православие множество яковитов. Затем он удалился в горы Ливана, воздвиг там подаренный папой крест и основал Маронитскую церковь, рукоположив митрополитов и епископов; скончался в монастыре Кфар-Хай. Вопрос о том, является ли жизнеописание Иоанна Марона плодом творчества Джибраила аль-Килаи, или оно было заимствовано из более ранних источников, остаётся дискуссионным. Исследователи находят характерным, что Джибраил аль-Килаи подчёркивает именно те детали, которые приобрели актуальность после возобновления контактов между Маронитской церковью и Папским престолом (1439 г.). Обучаясь в Риме, аль-Килаи познакомился со взглядами западного духовенства на маронитов как на бывших еретиков (монофелитов), которые, заключив унию с католиками, были вынуждены отречься от ереси. Джибраил аль-Килаи попытался опровергнуть это мнение и доказать, что Маронитская церковь всегда оставалась православной. Однако отношения Папского престола и Антиохийского патриархата, как их описывает Джибраил аль-Килаи, не могли существовать в VII в.; они характерны для эпохи Крестовых походов. Несмотря на это, биография Иоанна Марона в изложении аль-Килаи получила распространение среди маронитов и неоднократно дополнялась. Её пересказ, почерпнутый из устных маронитских источников, был опубликован на латыни. Маронитский учёный А.Ф. Найрон предложил новую версию происхождения маронитской общины. Это стало первой попыткой вписать легенду об Иоанне Мароне в контекст церковной истории Сирии VII в. Концепция А.Ф. Найрона легла в основу позднейшей маронитской историографии, представленной трудами патриарха Истифана ад-Дувайхи (1670–1704 гг.). Пересказывая в сочинении «История маронитов» предание об Иоанне Мароне, Истифан ад-Дувайхи дополнил его фантастическими подробностями. Сведения о том, что Иоанн Марон родился в селении Сарум близ Антиохии, историк, по мнению исследователей, заимствовал из Жития Иакова Барадея, где речь в действительности шла о Константинопольском патриархе Иоанне III Схоластике. Согласно Истифану ад-Дувайхи, отец Иоанна Марона был племянником франкского императора Карла Великого (768–814 гг.), который в то время якобы завоевал Сирию; мать Анохамия (Нохема) происходила из местного знатного рода. Иоанн Марон провёл некоторое время в монастыре св. Марона, где изучил сирийский язык и познакомился с жизнью подвижников (в честь этого монастыря он получил второе имя – Марон). В 676 г. по инициативе принца франков Евгения прибывший из Рима «кардинал» рукоположил Иоанна Марона во епископа и назначил его митрополитом Ботриса (Эль-Батрун). Эти сведения, как полагают исследователи, восходят к сиро-яковитским полемическим трактатам XV в. Исследователи отмечают, что использование источников яковитского происхождения, где Иоанн Марон представлен как отступник от монофизитства, привело к появлению ряда несоответствий в повествовании: например, перед рукоположением Иоанн Марон, который раньше был монофелитом, отрекается от монофизитской ереси. Иоанн Марон обратил многих еретиков от Иерусалима до Армении и рукоположил для них епископов и пресвитеров. Для защиты от еретиков и неверных он назначил военных предводителей, среди которых был его племянник Ибрахим (Авраам).