А.В. Исаченко предположил, что вторая часть не является переводом со старонемецкого и могла быть переписана с первоначального славянского глаголического текста. А.В. Исаченко пришёл к заключению о наличии двух языковых слоёв во «Фрейзингенских отрывках», которые соответствуют двум периодам христианизации моравских и альпийских славян – докирилло-мефодиевскому и кирилло-мефодиевскому. Древнейшие славянские переводы докирилло-мефодиевского периода со старонемецкого («Символ веры», «Отче наш» и др.) также проанализированы в его монографии. А.В. Исаченко, в частности, установил, что святые Кирилл и Мефодий использовали в работе переводной западнославянский текст молитвы «Отче наш», сохранив его лексические и синтаксические особенности. Его исследование «К вопросу об ирландской миссии у паннонских и моравских славян» («Вопросы славянского языкознания». М., 1963 г., выпуск 7) затрагивает проблемы предыстории старославянского языка. А.В. Исаченко указывал, что ирландцы первыми из европейцев использовали народный язык в богослужении. По его мнению, первые христианские тексты были переведены с латыни на славянский язык ирландскими миссионерами в VIII – начала IX вв., за 60 лет до моравской миссии равноапостольных Кирилла и Мефодия. Эти тексты были предназначены для первоначальной катехизации населения и не использовались в богослужении, совершавшемся на латыни. Богослужение на славянском языке в Великой Моравии и Паннонии начало совершаться в результате второго этапа христианизации славян, связанного с деятельностью равноапостольных Кирилла и Мефодия. Гипотезу А.В. Исаченко отчасти подтвердили археологические находки вдоль реки Моравы (Микульчице и др.), где было обнаружено два слоя сакральных архитектурных памятников, из которых младшие являются византийскими, о стилевой принадлежности старших ведётся дискуссия, ряд археологов предполагают их шотландско-ирландское происхождение. А.В. Исаченко плодотворно занимался изучением языковых особенностей значительных памятников средневековой письменности. В статье «Двойственное число в “Слове о полку Игореве”» (Заметки к «Слову о полку Игореве». Белград, 1941 г., выпуск 2), возражая представителям скептического взгляда на «Слово...», А.В. Исаченко показал, что уровень филологической науки в конце XVIII в. не позволял успешно подделать в тексте формы двойственного числа (его выводы получили блестящее подтверждение в современном исследовании Андрея Анатольевича Зализняка «Слово о полку Игореве: Взгляд лингвиста», М., 2004 г.). Под руководством А.В. Исаченко был выполнен и издан первый перевод «Слова…» на словацский язык Он рассмотрел языковой материал, представленный в произведении Сигизмунда фон Герберштейна «Записки о Московии». В указаниях С. фон Герберштейна А.В. Исаченко нашёл подтверждение существования церковнославянско-русского двуязычия в России в XVI в. Синтезом синхронических и диахронических исследований А.В. Исаченко должна была стать «История русского языка», где он предполагал нарисовать картину развития русского языка от времени распада праславянского единства до XX в. А.В. Исаченко подверг критике сложившуюся в русском языкознании традицию разграничения двух историко-лингвистических дисциплин – исторической грамматики, изучающей развитие живой русской речи в её диалектном многообразии, и истории русского литературного языка, объектом которой является нормализованный язык. А.В. Исаченко утверждал необходимость создания обобщающего исследования, которое всесторонне осветит историю русского языка.