В 1859 г. в храме над могилой Иакова и Иоанна была установлена сооружённая на пожертвования медная посеребренная гробница с изображениями перенесения мощей св. младенцев в Менюшу, явления святых охотникам, извлечения гробов из озера и нахождения Иоанна убитым. В 1891 г. к Свято-Троицкой церкви был пристроен придел во имя Николая Чудотворца. 28 сентября 1895 г., после окончания работ по ремонту и расширению храма, Новгородский и Старорусский архиепископ Феогност (Лебедев) освятил главный престол храма во имя Иакова и Иоанна. В ходе перестройки пещера над могилой святых была расширена, над могилой устроена мраморная рака с серебряной доской наверху с изображением Иакова и Иоанна. На месте, где стоял дом родителей Иакова и Иоанна, в XIX в. находилась часовня во имя праведных младенцев, в которую из близлежащих сёл Медведь и Мшага 24 июня совершался крестный ход с образом святителя Николая. Из деревни Менюши крестный ход направлялся на Святое озеро, на берегу которого служился водосвятный молебен, после чего процессия возвращалась в Менюшу. У северной стены посвящённого Иакову и Иоанну храма над колодцем, который наполнялся водой, вытекавшей из пещеры, где покоились св. мощи, совершалось освящение воды, затем в храме служилась литургия. До 1860 г. на берегу Святого озера стоял крест, затем была сооружена часовня и две купальни для паломников. Особенно полезным купание в Святом озере считалось для детей. Имеются свидетельства о том, что по молитвам к Иакову и Иоанну в XIX в. совершались многочисленные исцеления, но записи чудес этого времени исследователям неизвестны. Крестный ход в память Иакова и Иоанна совершался на Святое озеро также 30 июня – в этот день в конце 1870 гг. по молитвам к святым в Менюше и окрестностях прекратился падёж скота. Традиция данного крестного хода существовала до 1930 гг. Во второй половине 1930 гг. церкви в деревне Менюше и в селе Медведь были закрыты, священники репрессированы. Несмотря на то что в менюшском храме в послевоенные годы размещалось овощехранилище, затем мельница, почитание могилы св. младенцев не прекращалось, продолжалось и паломничество к Святому озеру. В период активизации гонений на церковь в 1950–1960 гг.местные власти безуспешно пытались бороться с почитанием Иакова и Иоанна: заваливали вход в пещеру над могилой святых, препятствовали паломничеству. Завалы разбирали верующие, паломничество не прекращалось. В советские годы устное предание о Менюжских святых было распространено в Новгородской области. Среди бытующих в Менюше рассказов о чудесных исцелениях, совершённых св. братьями, есть история об исцелении на Святом озере жены городского партийного деятеля («парторга»); женщину привозил туда муж, лишившийся из-за этого работы и «положения в Коммунистической партии». Александр Александрович Панченко отмечает существование в конце XX в. в Менюше многочисленных вариантов Сказания об Иакове и Иоанне и несколько вариантов духовных стихов на сюжет Сказания. К 1990 гг. церковь в деревне Менюше была в аварийном состоянии, храм в селе Медведь разрушен.