Однако явившиеся во сне охотникам отроки потребовали, чтобы их тела были погребены в пустынном месте «на Менюше, где в мимошедшия времена бысть монастырь». Так и было сделано, над могилой была поставлена часовня. В Сказании сообщается, что у могилы Иакова и Иоанна происходили исцеления: «Всемилостивый же Господь Бог даде сим за невинность их дар чудотворений, ибо всякими болезнями одержимии людие, с верою ко гробам их притекающии, исцеление и здравие получаху». Рассказывается об исцелении не названного по имени псковского монаха, который, выздоровев, отправился просить подаяние на создание церкви и возобновление Менюжского монастыря. В позднейшей агиографической традиции этот монах был отождествлён с Макарием (Головиным), строителем в Троицком Менюжском монастыре в 1668–1684 гг. После того как монастырь был обустроен, в царствование Ивана V и Петра I Алексеевичей, при Новгородском митрополите Корнилии (1674–1695 гг.), по свидетельству Сказания, мощи Иакова и Иоанна были свидетельствованы и обретены нетленными. Исследователи полагают, что тогда состоялась канонизация братьев (в начале XIX в. архимандрит Амвросий (Орнатский) писал, что в Троицкой менюжской церкви посвящённый Иакову и Иоанну придел существовал «с неизвестного времени»). Автор Сказания объясняет прославление братьев-младенцев тем, что один из них был невинноубиенным, а второй – мучеником: «Бог... видев беззлобие и невинность отрочат сих, восхоте прославити святое Своё имя в них, вчинив их во святых Своих, почтив нескверныя и непорочныя младенческия телеса их нетлением, оваго яко неповинно убиеннаго, оваго же, яко мучением, огнём за убийство скончавшагося». Исследователи подчёркивают, что в почитании Иакова и Иоанна мотив братоубийства не отмечается, и оба младенца почитаются равно. Георгий Петрович Федотов приводит рассказ об Иакове и Иоанне в качестве доказательства тезиса: «С особенным религиозным благоговением русское благочестие относится к младенцам, погибшим насильственной смертью». Однако своеобразие сюжета заставило авторов ряда справочных изданий не сообщать обстоятельства гибели детей либо приводить ничем не подтверждаемую версию, что «младенцы-мученики были умерщвлены злодеями». До упразднения в 1764 г. Менюжская обитель была приписана к новгородскому в честь Сошествия Святого Духак на апостолов монастырю. К началу XIX в. в деревянной Свято-Троицком храме в деревне Менюше (Менюж), построенном на месте бывшего монастырского храма, который сгорел в 1780 г., существовал придел во имя Иакова и Иоанна, в котором под спудом почивали мощи святых. В «Патерике Новгородских чудотворцев» Паисия Кривоборского 1831 г. (Российская национальная библиотека) под заголовком «Житие праведных Иоанна и Якова, Минюжских чудотворцев» указано, что они «опочивают под спудом… в деревенной особой во имя их церкви» (на поле приписано: «Бысть в лето 7000»), – по мнению исследователей, речь идёт о Свято-Троицкой церкви с посвященным Иакову и Иоанну приделом. Память отроков указана в «Повести о российских святых угодниках» (Российская национальная библиотека, XVIII в.) и в перечне Новгородских чудотворцев (Российская национальная библиотека, XVIII в.). Существуют тропарь и кондак святым. Деревянная приходская Свято-Троицкая церковь с приделом во имя Иакова и Иоанна по повелению императора Николая I и на дарованные им средства (по преданию, в благодарность жителям Менюши за то, что в холерные годы в военных поселениях в этом районе не было бунтов) была заменена на каменную в 1837 г. – декабре 1841 г.