После отпевания, которое совершил 13 августа настоятель архимандрит Герман, старец был погребён с левой стороны у алтаря Ахтырской церкви. Над могилой был поставлен деревянный крест, ранее находившийся в пещере затворника. Затем вместо деревянного был сооружён чугунный крест с литым распятием, над захоронением поставлен навес. Прежний крест и вериги хранились в пещерной келье затворника, некоторые предметы облачения – в ризнице Ахтырской церкви. С июля 1868 г. в Святогорской пустыни велась запись исцелений, полученных после служения панихид у могилы старца. Практиковалось возложение на больных мантии и вериг старца. Часто упоминаются случаи «избавления от беснования», «падучей болезни», «помрачения ума»: только за вторую половину 1868 г. исцелились больше десяти человек, в том числе девица Е.Л. Тимофеева, крестьянка М.Ф. Волошичева (слобода Маяки Изюмского уезда Харьковской губернии), мещанка Е.Т. Сидорова (Казань), Ф.А. Егорова (село Апольково Кромского уезда Орловской губернии). Исследователям известны случаи исцелений на могиле Иоанна братии Святогорского и других монастырей, священнослужителей. Так, в августе 1903 г. в келье затворника исцелился от желудочных болезней священник Михаил Муравьёв, служивший в Макариевской церкви посёлка Горловка Бахмутского уезда Екатеринославской губернии. После 1917 г. обитель была закрыта, Ахтырский храм разрушен, но могила затворника сохранилась. 24 августа 1995 г. Иоанн был причислен Украинской православной церкви Московского патриархата к лику местночтимых святых Донецкой епархии, 24 июля 2003 г. указом Патриарха Московского и всея Руси Алексия II включён в Собор Курских святых. После возобновления Святогорской обители обретённые в 1994 г. мощи и крест Иоанна хранятся в Успенском соборе, киот с почитаемой иконой и обувью старца – в Покровском храме. Ежегодно в день его памяти (24 августа) совершается крестный ход вокруг обители, на который собирается до 10 тыс. паломников. Частица мощей Иоанна находится в алтаре храма во имя Николая Чудотворца в Бирюлёве (Москва). Ростовой живописный портрет Иоанна был написан по его настоянию (он просил об этом Т.Б. Потёмкину) святогорским иноком (находился в ризнице больничной церкви Ахтырской иконы Божьей Матери вместе с вещами святого, не сохранился). Судя по описаниям прижизненного портрета, его воспроизводят отпечатанные в мастерской А.П. Руднева литография 1868 г. (Российская государственная библиотека; в рост) и тонолитография 1875 г. (Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии; поколенно). Иоанн представлен вполоборота влево, в мантии и схиме с крестами и херувимами и в куколе, в правой, прижатой к груди руке чётки, в левой раскрытая книга с текстом: «W Молитвh Iисусовой...» У него седые пышные волосы и широкая раздвоенная борода. Исследователям известны случаи чудес от портретов подвижника, в том числе от помещённых в его жизнеописаниях. Существуют современные иконы Иоанна, например, поясной прямоличный образ святого в куколе, с благословляющей десницей. Он держит развёрнутый вверх свиток с текстом: «Братiе, непрестанно молитес# Богu ...» (с частицами св. мощей и гроба). На крышке ковчега с главой Иоанна написан его ростовой образ в схиме, с крестом в руках, глаза закрыты.