Спал Иоанникий в деревянном гробу с большим надмогильным крестом у изголовья. В келье находились иконы, неугасимая лампада, аналой, деревянный обрубок, служивший стулом, кувшин для воды, горшок для пищи. Из облачений имелась ветхая мантия с епитрахилью. По благословению архимандрита Арсения Иоанникий полагал в сутки 700 земных поклонов, 100 поясных, произносил 5 тыс. Иисусовых молитв, 1 тыс. Богородичных, вычитывал акафисты Иисусу Сладчайшему, Богоматери и Страстям Христовым, святогорский помянник. Иоанникий ежемесячно причащался в алтаре соседней пещерной Иоанно-Предтеченской церкви, носил железные вериги и власяницу. 29 августа 1852 г. архиепископ Филарет (Гумилевский) постриг подвижника в схиму с именем в честь Иоанна Предтечи. При постриге присутствовали архимандрит Арсений и Татьяна Борисовна Потёмкина (урождённая Голицына). Находясь в Святогорской пустыни, Филарет всегда посещал Иоанна, приносил в дар восковые свечи, исповедовался у него. Около 1855 г. из-за постоянного холода и сырости у Иоанна началось заболевание ног. Настоятель благословил несколько ослабить строгость затвора, поставил в келье печь, выдал самовар, позволил Иоанну еженедельно по вторникам выходить из кельи в алтарь Иоанно-Предтеченской церкви, благословлять насельников. Раз в год, в среду Страстной седмицы, Иоанн посещал общую трапезу, общался с братией. Также по ночам старец выходил на балкон, который образовался в уступе скалы, беседовал с иноками. Когда от постоянного полумрака и свечного освещения у Иоанна ослабло зрение, он стал просить учеников читать или пересказывать ему поучения св. отцов. Особо отметил прочитанную ему книгу Игнатия (Брянчанинова) «Плач инока»: «Как тут всё верно сказано, вот я не могу только выразить, по-учёному, словами, а тут вот в сердце всё так чувствуется, как там написано». Приставленный к Иоанну монах вычитывал в его келье полунощницу, утреню, часы, вечерню, повечерие с канонами. Святогорская братия сохранила простые наставления Иоанна о молитве: «Иисус – моя утеха, с Ним мне, слепому, не скучно: Он и утешит, Он и усладит душу, так что скучно мне с Ним никогда не бывает»; «Кто молитву Иисусову исполняет, при том благодать Господня пребывает, – враг же, диавол, от того человека отбегает, в радости духовной тот человек время провождает, вечный себе путь без труда обретает; а кто молитву сию оставляет, тот о вечной жизни скоро забывает, об ответе Господу, судии всех, не помышляет, своей плоти более угождает, вражии помыслы в себя приемлет, вечных благ отвергается»; «Встал с одра, Иисуса призови, взялся за дверь, без Иисуса идти не моги, пошёл в путь твой, Иисус да шествует с тобою, за послушание взялся, к Иисусу прислушивайся, что речет Он твоему сердцу; хлеб ли жуёшь, Иисусом услаждайся, воду ли пьёшь, Иисусом паче прохлаждайся...»