Впоследствии несколько раз бесноватые исцелялись в Святогорской пустыни по молитвам подвижника. 22 июня 1840 г. был Иоанн был пострижен в монашество с именем Иоанникий, назначен экономом пустыни. В апреле 1844 г. Иоанникий в числе 12 насельников Глинской пустыни во главе с игуменом Арсением (Митрофановым) был направлен в Харьковскую губернию для восстановления Святогорской пустыни. Имевший хозяйственный опыт и пользовавшийся полным доверием настоятеля, Иоанникий был назначен экономом возрождавшейся обители. Кроме надзора за подрядчиками и наёмными рабочими, за доброкачественностью строительных материалов на Иоанникии лежала нелёгкая обязанность согласовать восстановительные работы с основными благотворителями – семьёй Потёмкиных и особенно с их управляющим. Был вынужден, с одной стороны, подчиняться распоряжениям настоятеля, с другой – уступать «капризам» ктиторов, что доставляло ревностному эконому немало скорбей. Строительство братских корпусов, гостиницы, хлебных амбаров и ледника в тяжелейших условиях гор требовало от него принятия сложных инженерных решений. По благословению настоятеля Иоанникий возглавил работы по обнаружению, расчистке и восстановлению древнего пещерного храма во имя преподобных Антония и Феодосия Печерских к востоку от монастыря. Для новооткрытой церкви Иоанникий собственноручно вырубил престол из цельного дикого камня. 15 августа 1849 г. епископом Иннокентием (Борисовым) Иоанникий был рукоположён во диакона, 26 августа епископом Харьковским Филаретом (Гумилёвским) – во иерея и назначен духовником посещавших Святогорскую пустынь богомольцев. Стремясь к отшельничеству, в свободное от послушаний время Иоанникий уходил молиться на вершину Святогорской меловой скалы. Здесь в одной из заброшенных пещер он устроил для себя маленькую келью: поставил деревянный простенок, двери, обложил досками стены. Настоятель архимандрит Арсений не сразу благословил Иоанникия подвизаться в затворе, решив его испытать: приказал очистить все туалеты в монастыре; отобрал у иеромонаха одежду, выдав самую изношенную, в заплатах, ставил на поклоны в трапезной пред всей братией. В 1851 г. архимандрит Арсений благословил его сначала затвориться в братской келье, заставить окна ставнями и таким образом испытать, сможет ли он вынести затвор в более суровых условиях – в меловой скале. Однако Иоанникий тайно от настоятеля оставил монастырскую келью и удалился в пещеру. Архимандрит Арсений обратился за советом к архиепископу Харьковскому Филарету. Архиерей посоветовал разрешить Иоанникию уединиться в скальной келье под надзором настоятеля и духовника с обязательством при первом же требовании оставить затвор. Возвратившись из Харькова, архимандрит Арсений благословил подвижника жить в меловой келье постоянно. Дверь была заперта на замок, оставлено лишь малое окно для передачи пищи.