Французский инженер и картограф на польской службе Гийом Левассёр де Боплан в «Описании Украины» (первое издание увидело свет в 1650 г.) отмечал, что «там (в пещерах Киево-Печерского монастыря) показывают одного святого Иоанна, который полностью виден до пояса, от которого он погружён в землю. Здешние монахи рассказывали мне, что упомянутый Иоанн, чувствуя приближение смертного часа, сам приготовил для себя могилу, но не в длину, как обычно, а в глубину. Когда пришёл его час, к чему он уже давно был готов, он, попрощавшись с братией, сам спустился в землю, но по воле Божией смог войти в неё только до половины, хотя яма была достаточно глубока». В начале XX в. мощи Иоанна были переложены в раку (к 1901 г., по свидетельству архиепископа Дмитрия (Самбикина), мощи святого почивали в первоначальном положении). Около 1643 г. по благословению Киевского митрополита Петра (Могилы) протосинкелл и экзарх Константинопольского патриарха Мелитий Сириг составил канон преподобным отцам Печерским. Иоанн прославляется в четвёртом тропаре четвёртой песни канона: «Иоанне многострадалне, иже смиренное тело свое со теснении неослабными порабощей и живо погребыся, желая раздрешитися и с Христом съединитися, от тля мя избави». В 1684–1690 гг., при киево-печерском архимандрите Варлааме (Ясинском; впоследствии митрополит Киевский), было установлено празднование преподобным отцам Ближних пещер в первую субботу по отдании праздника Воздвижения Креста Господня, тогда же была составлена служба Собору. Иоанн упоминается в третьем тропаре восьмой песни канона службы; существует также отдельная служба Иоанну. Общецерковное почитание святого установлено указами Святейшего Синода 1762, 1775 и 1784 гг., согласно которым было разрешено печатать службы печерским преподобным и вносить их имена (в том числе Иоанна) в общецерковные московские месяцесловы. С 1843 г. совершается празднование Собору всех Киево-Печерских святых и всех святых, в Малой России просиявших. Иконография Иоанна достаточно разнообразна, представлена в разных видах искусства. Одно из ранних сохранившихся изображений – на иконе «Успение Богородицы» в раме с избранными Киево-Печерскими чудотворцами из надгробного иконостаса царевны Софии Алексеевны в московском Новодевичьем монастыре (конец XVII в., Исторический музей; см.: «Обитель пресветлая и дивно украшенная…»: К 480-летию основания Новодевичьего монастыря: Путев. М., 2004 г.). Иоанн написан в правом нижнем клейме на тёмном фоне, по пояс в земле, обнажённым, со склонённой головой и сложенными крестообразно руками, рядом горящая свеча. Иконографическим источником большинства икон являются гравюры Киево-Печерского патерика. В первом издании Патерика («Патерик, или Отечник, Печерский». Киев, 1661 г.) помещена ксилография 1656 г. работы мастера Илии, названная «Многотерпеливый Ианъ Д(у)ш свою преда(ет) в рц Б(о)г», т.е. изображено успение святого. Безбородый Иоанн показан в пещере, закопанным в землю почти по самые плечи, со скрещенными руками; слева на земле свеча, вокруг три ангела: один, с пальмовой ветвью в правой руке, подносит ему венец, два других держат душу Иоанна в виде младенца.