В Хлынове были построены каменный архиерейский дом с домовой церковью, Спасская церковь, что на Торгу (1693 г.) и Воскресенский собор (1695 г.), в Трифоновом монастыре – Успенский собор (1689 г.) и Никольская надвратная церковь (1692–1695 гг.), Преображенский храм в Преображенском женском монастыре (1695 г.), Царево-Константиновская церковь на посаде (1699 г.), Богоявленская церковь в кремле (1698 г.). Всего за время служения на Вятке Иона благословил строительство не менее 22 храмов (не считая монастырей и часовен). С его именем связано установление и возобновление почитания на Вятке чудотворных икон, устройство монастырей. Иона подтвердил местное празднование и крестный ход вокруг Хлынова в честь чудотворного списка Нерукотворного образа Спасителя (Хлыновский образ). С Ионой связывают создание новой редакции Сказания об иконе. В 1693 г. он основал в Орлове монастырь в честь Нерукотворного образа Спасителя, в обители находился явленный на Вятке образ. В пятую Неделю после Пасхи и 16 августа из монастыря совершался крестный ход с чудотворной иконой в часовню на месте явления образа. Иона принял деятельное участие в восстановлении Троице-Стефановской пустыни в селе Ульянове (ныне в Республике Коми), где благословил построить храм в честь Нерукотворного образа Спасителя (монастырь, по преданию, был основан Стефаном Пермским (это место считается последним рубежом, который посетил святитель с проповедью христианства); со временем обитель упразднили, восстанавливать монастырь начал монах Филарет (Тюрнин) с сыновьями; после пожара, уничтожившего храмы обители, Гурий получил грамоту Ионы на строительство). Из Тихвинского монастыря Иона привёз на Вятку список с Тихвинской иконы Божьей Матери. Икона была помещена в хлыновском Свято-Троицком кафедральном соборе и вскоре стала особо почитаемой. В описи, составленной музейными работниками при закрытии собора в середине 1930 гг., указано: «...По преданию, писана архиепископом Ионою». В 1676 г. Иона благословил создание Верхокуринского монастыря во имя архангела Михаила, в котором хранился образ архангела Михаила на камне, обретённый близ села Курина. 24 мая 1686 г. дал благословенную грамоту на строительство Обвинского Верх-Язвинского монастыря в честь Успения Божьей Матери (Соликамский уезд), где хранилась чудотворная икона Успения Пресвятой Богородицы. В 1675 г. Иона основал Шерьинскую Богородичную пустынь. В период его пребывания на Вятской кафедре была создана пространная редакция «Сказания о иконе Николая Чудотворца Великорецкого». Иона был погребён в Свято-Троицком соборе в Хлынове.