Иона неоднократно подавал челобитные с требованием вернуть крестьян в епископские владения. 5 марта 1680 г. дело окончательно решилось в пользу епархии. Иона увеличил подати с крестьян, которые жили на церковных землях, несмотря на их челобитные царю. При Ионе архиепископская кафедра расширяла свои владения. Механизм приобретения новых земель был различным: передача выморочных и пустующих земель по решению местных властей, дарственные, покупки, невыплаченный заклад. Так, 12 мая 1680 г. Иона получил данную грамоту на каменную церковь в честь Тихвинской иконы Божьей Матери с земельным участком для организации здесь подворья, хотя на эти земли претендовал также Симон, архиепископ Смоленский и Дорогобужский. Дела по спорным земельным вопросам вели стряпчие архиепископского дома, которые широко пользовались тем, что частновладельческие, государственные и церковные земли в данном регионе были размежеваны нечётко или вообще не разграничены. В результате судебных решений чёрные земли переходили в разряд церковных. Как правило, крестьянам приходилось давать на себя кабальные записи или уходить с обжитых мест, оставляя расчищенные поля и дома. По проекту неосуществлённой епархиальной реформы 1681 г. царя Фёдора Алексеевича предполагалось создать на Вятке митрополичью кафедру и подчинить Вятскому архиерею две новых епархии: в Соли Камской (Соликамске; для обеспечения кафедры предлагались Преображенский и Вознесенский монастыри) и на Кунгуре (для её обеспечения предлагались Тахтаровская и Воздвиженская пустыни). Церковный Собор отверг это предложение, решив: «В Вятской епархии быть епископу в Перми». При этом в соборном постановлении было записано: «Вятскую епископию учинить архиепископиею», 12 марта 1682 г. царский указ об этом был внесён в разрядную книгу. 5 февраля 1682 г. в Москве Иона участвовал в поставлении Тверского и Кашинского архиепископа Сергия, 21 февраля – в торжествах в связи со свадьбой царя Фёдора Алексеевича и Марфы Матвеевны Апраксиной. На Вятке, как и в Тихвине, Иона конфликтовал со светскими властями. В мае 1681 г. он подал челобитную на вятских воевод, которые в нарушение постановлений Собора 1666–1667 гг. стали «вступатца в ево епископле дела» и брать «к себе в приказную избу освещенный чин». Царская грамота 27 июня 1681 г. подтвердила неподсудность людей Вятского епископа воеводе. При смене воевод конфликты повторялись.