В апреле 1674 г. в Тихвин приехал кашинский воевода Пётр Арцыбашев для «сыска и сбора» взятых в солдаты в 1658–1659 гг. людей, которые, оставив службу, разбежались по домам. Следствие о дезертирах было жестоким. Посадские жители, принадлежавшие тихвинскому монастырю, обратились с жалобой на действия воеводы к Ионе, который приехал на посад в сопровождении вооружённых монастырских слуг. Архимандрит собрал посадских людей и велел бить в набат. Спор между монастырскими людьми и воеводой вылился в драку. Обороняясь, П. Арцыбашев убил одного из нападавших и ранил девочку, а с наступлением темноты покинул город. Следователи, разбиравшие данное дело, встали на сторону Ионы и тихвинцев. П. Арцыбашев за убитого им посадского человека отдал в тихвинский монастырь своего крестьянина. 23 августа 1674 г. Иона был хиротонисан во епископа Вятского и Великопермского, став вторым архиереем на этой кафедре, учреждённой в октябре 1657 г. (см. Вятская и Слободская епархия). В литературе высказывались разные мнения о причинах этого назначения. Павел Владимирович Седов считает, что поставление Ионы связано с его близостью к Милославским, родственникам царицы Марии Ильиничны, которые были вкладчиками Успенского тихвинского монастыря. Наталья Евгеньевна Завойская отметила, что покровителем Ионы был князь Иван Андреевич Хованский. Чин поставления Ионы содержал новшество, благословить которое мог лишь патриарх Иоаким: епископ обещал не вступать в общение «с латины, и с люторы, и с калвины, и со иными еретикы, аще случитися кому таковых прийти в царствующий град Москву», а также не оставить в своей епархии ни одного инославного. В Хлынов (центр Вятской и Великопермской епархии; ныне город Киров) новопоставленный владыка прибыл 17 января 1675 г. К 1674 г. в Хлынове не было архиерейского подворья, местом пребывания епископа был Трифонов Вятский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь. Первый Вятский епископ Александр до Большого московского Собора 1666–1667 гг. выступал противником богослужебной реформы, происходившие в церкви события вынуждали его подолгу находиться в Москве. Из-за удалённости епархии от центра и частого отсутствия архиерея вятское духовенство и паства привыкли к независимости в церковных делах и сопротивлялись архиерейской власти. Иона радикально изменил ситуацию в епархии, вернув церковные земли, утраченные при его предшественнике. Уже в 1676 г. архиерейский дом получил на оброк сенокосы и рыбные ловли на реке Вятке. Вятские посадские люди попытались оспорить это решение в суде, но успеха не добились. Затем Иона занялся возвращением живших на церковных землях крестьян, которые после учреждения епископии переписались в черносошные.