27 мая 1686 г. в государевой грамоте вятскому воеводе Алексею Афанасьевичу Собакину вновь было дано указание: «И ты б Вятского архиепископа с певчих и с служебников дому его, которые живут на посаде дворами своими, и дворы их в переписных книгах написаны, – пятьдесят дворов, рублёвых стрелецких денег с них в нашу великих государей казну имать не велел и из окладу выложил». Освобождение архиепископских людей от общих налогов было победой архиепископа над властью воеводы и над посадом. Конфликты между церковной и светской властью на Вятке возобновились в 1687–1688 гг., когда воеводой был думный дворянин Алексей Иванович Леонтьев. Он привлекал к суду людей Вятского владыки, не ходил в собор даже «на государские празники и на... государские ангелы», отговариваясь «немощию своею». Действия воеводы нашли поддержку у посадских людей, подавших челобитную с просьбой «оберегать» их «от домовых ево архиепископских людей и от крестьян». На совместном заседании царей Ивана V и Петра I и Боярской думы в декабре 1688 г. этот конфликт был решён в пользу церкви, судебные права воеводы и посадских людей были урезаны в пользу архиепископа. Царский указ 25 сентября 1689 г. предписывал разослать такие же грамоты в другие города «ево братье иным архиереом» (Российский государственный архив древних актов). В конце 1690 гг. позиция царя в отношении расширения владений Вятского архиерейского дома изменилась. В грамоте из Москвы вятскому воеводе князю Алексею Никитичу Урусову от 12 апреля 1697 г. содержалось требование конфисковать у домовых людей архиепископа, подьячих и церковного причта перешедшие в их владения тяглые земли. 30 ноября 1698 г. в «памяти» вятским посадским людям о сборе налогов указано собирать с архиепископских домовых людей и причта полный оклад, деньги эти собирались церковными властями отдельно от земских. Возраставшие доходы епархии Иона тратил на её обустройство. Он пригласил в Хлынов мастеров каменных дел из Москвы, которые в 1676 г. заложили в кремле фундамент Троицкого собора с Никольским приделом. В 1679 г., когда сгорела деревянная соборная церковь Николы Великорецкого, у незаконченного ещё каменного храма пришлось достроить и освятить северный придел в честь Николая Чудотворца; основной храм был освящён в 1683 г. В мае следующего года оставшаяся в Хлынове часть той же артели при участии монахов Трифонова монастыря, монастырских крестьян и посадских людей заложила фундамент Успенской церкви и закончила её постройку в 1689 г. При устройстве фундамента церкви были обретены мощи Трифона Вятского. Для нужд строительства при архиерейском доме в 1677 г. был устроен кирпичный завод, позднее такой же завод появился при Трифоновом монастыре. В Хлынове работал также колокололитейный завод. Появление местных мастеров каменных дел позволило вести каменное строительство в епархии в массовом порядке.