Житие включает рассказ о многочисленных чудесах по молитвам к Сергию (явление святого местным жителям, исцеления, в основном, от беснования), в отдельных списках их больше сотни (Российская государственная библиотека, начало XVII в., и др.). В 1589 г., находясь по поручению братии Сийского монастыря в Иоанно-Богословском монастыре на Ваге, Иона составил Житие основателя обители Варлаама Важского (Пинежского: «Месяца июня в 19 день. Память преподобнаго отца нашего Варлама, Пенежьскаго чюдотворца, иже на Ваге пречестен монастырь составлшаго во имя святаго и славнаго апостола и евангелиста Иванна Богослова, егоже отчасти чюдес исповедания» – Российская государственная библиотека, конец XVI – начало XVII вв.). В послесловии к Житию Иона рассказал об обстоятельствах и о времени его создания. Игумен Иоанно-Богословского монастыря Даниил, «видев от раки святаго Варлама реки чюдес проливаемы приходящим с верою, а святое житие святаго не написано бысть ни от когоже», попросил Иону записать свидетельства о преподобном и о совершавшихся по молитвам к нему чудесах. Книжник отметил, что к тому времени уже «много от всех забвено бысть прешествия ради многих лет» (Российская государственная библиотека). Житие состоит из предисловия, житийной части, рассказа об обретении мощей преподобного в 1552 г., 24 чудес, которые исследователи относят ко второй половине XVI в., и послесловия. Редакция Ионы (Основная редакция) известна исследователям в 19 списках, она была широко распространена и переписывалась в конце XVI – первой половине XVIII вв. в Поважье (Институт русской литературы и искусства, XVII в.; Исторический музей, XVIII в.; Российская государственная библиотека, XVII в.), в Антониевом Сийском монастыре (Библиотека Академии Наук, XVII в., – сборник игумена монастыря Феодосия). Два списка XVII в. находились в библиотеке Холмогорского и Важского епископа Афанасия (Любимова; Библиотека Академии Наук). В XVII в. Житие Варлаама вошло в июньский том Четьих-Миней Германа (Тулупова; Российская государственная библиотека, 1631 г.; Российский государственный исторический архив, 1660 гг.). Во второй половине XVII в. на материале редакции Ионы была создана краткая переработка Жития. В первой пол. XVIII в. в Иоанно-Богословском монастыре Основная редакция была использована при создании трёх новых переработок (каждая известна в одном списке), которые отличаются от первоначального текста наличием новых чудес, стилистическими изменениями и дополнительной информацией. Жития, которые были написаны Ионой в более позднее время, существенно отличаются от первого агиографического цикла объёмом и особенностями композиции: они содержат краткую и бедную информацией повествовательную часть и обширный материал о посмертных чудесах по молитвам к святым.