Житие Антония Сийского содержит много реалистических подробностей, яркие зарисовки монастырского быта, описания севернорусской природы, по мнению исследователей, рассказы о чудесах святого примечательны документальными чертами. Иона включил в Житие духовную грамоту преподобного, написанную за полгода до смерти (она почти дословно приведена в главе «О последнем поучении преподобнаго братии, о предании духовныя грамоты и о поставлении строителя»). Духовная грамота Антония хранилась в монастыре (в настоящее время находится в Архангельском областном краеведческом музее), упоминается в Летописце Антониева Сийского монастыря (Библиотека Академии Наук, 1610–1620 гг.). При написании Жития Антония Иона использовал Жития основателей монастырей на Русском Севере преподобных Кирилла Белозерского, Варлаама Хутынского, Александра Ошевенского, Димитрия Прилуцкого. Рассказывая об иноческих подвигах преподобного Антония, автор почти дословно заимствовал текст из Жития Александра Свирского. В разных вариантах Жития содержится 14, 16 или 19 рассказов о посмертных чудесах по молитвам к Антонию и к Святой Троице перед Её иконой, написанной основателем Сийского монастыря. Похвальное слово Антонию Сийскому («Слово похвалное преподобнаго отца нашего игумена Антония Сийскаго чюдотворца» – Библиотека Академии Наук) Иона написал по повелению Новгородского архиепископа Александра и сийского игумена Питирима. Составленное в жанре торжественного красноречия, Похвальное слово связано с Житием, в заключительной части Слова упоминаются основные моменты биографии преподобного Антония, чудотворения по молитвам к святому, в частности, исцеления игумена Питирима и инока Леонида. Похвальное слово обычно переписывалось вместе с Житием Антония как его завершающая часть. Служба Антонию Сийскому («Месяца декабря в 7... в той же день празднуем преподобному отцу нашему Антонию, чюдотворцу Сийскому, иже на Михайлове езере в постех просиавшьму» – Библиотека Академии Наук) была создана Ионой примерно в одно время с Житием и Похвальным словом и по содержанию соотносится с ними. Служба представляет собой всенощное бдение с двумя канонами Антонию, содержащими акростих, и с каноном Благовещению Пресвятой Богородицы. В 1645 г. в Москве служба почти без изменений была издана в составе Минеи на декабрь. В 1579 г. игумен Питирим и ученик Антония старец Филофей привезли в Москву составленный Ионой корпус текстов, посвящённых Антонию Сийскому, и обратились к царевичу Ивану Ивановичу с просьбой о содействии в канонизации основателя Сийского монастыря. Царевич Иван Иванович, «любовию распаляем ко святому», принялся за переработку агиографических сочинений и составил новую службу, после чего митрополиту Антонию и царю Ивану IV Васильевичу были представлены для рассмотрения служба преподобному Антонию в редакции царевича Ивана Ивановича и Житие святого с Похвальным словом в редакции Ионы.