В последующие годы случаи воссоединения униатов с православной церковью стали более редкими. Одновременно с этим Иов со свойственными ему энергичностью и требовательностью сдерживал процесс перехода населения в католичество, который начался в епархии вскоре после восшествия на престол императора Павла I. Особое внимание Иов уделял Минской духовной семинарии, которая находилась в Слуцке. Хотя владыка не имел духовного образования и за время «своего архиерейства, кажется, не сказал сам ни одной проповеди», он решил преобразовать семинарию, изменить административный и преподавательский состав и расширить курс изучаемых наук. Помимо должностей ректора и вице-ректора были введены должности префекта и инспектора (сеньора). При определении перечня предметов, изучаемых в семинарии, и составлении расписания Иов взял за образец Киево-Могилянскую академию. Курс обучения был распределён вместо имевшихся трёх на шесть классов, высшим из которых был класс риторики. За неимением в Минской епархии школ русского языка в семинарии учреждался особый класс, где обучались «по-российски читать и писать». Также в семинарский курс были введены французский и немецкий языки, «математические и исторические науки», изобразительное искусство, медицина и другие предметы (всего 20), которые преподавались в Киево-Могилянской академии. Минская духовная семинария выписывала газеты на русском и польском языках. С весны 1798 г. для учебного заведения строилось новое здание. В 1804–1805 гг. для семинарии были выделены некоторые помещения слуцкого Троицкого монастыря. В 1799 г. вышло предписание Иова направлять детей священно- и церковнослужителей для обучения в семинарию. Архиерей даже приказал облагать денежным штрафом тех священников, которые уклонялись от выполнения этого предписания. Весной 1806 г. был учреждён сбор пожертвований по всем приходам епархии на содержание семинарии. Число семинаристов увеличивалось с каждым годом: в 1798 г. – 71 человек, в 1807 г. – 124. Несмотря на это, выпускников семинарии не хватало для замещения вакансий на приходах, поэтому Иов ввёл специальную должность кафедрального экзаменатора для кандидатов в священники. Экзамену подвергались и уже состоящие в сане священнослужители. При Иове в сентябре 1799 г. кафедральным собором стал Петропавловский храм упразднённого минского Петропавловского монастыря в Верхнем городе.