Исследователи полагают, что существовала и другая башня – в северо-восточном углу. Верхний уровень был практически разрушен, кроме внешней южной стены и части внутренней стены, стоящей на южной стене церкви. В современный храм была включена апсида средневековой церкви. В 1881 г. были найдены фрагменты росписей, окованная железом дверь, два византийских и несколько средневековых капителей. Рядом с монастырём находилась средневековая цистерна глубиной 9 м. В 1885–1888 гг. на средства ризничего Святого Гроба архимандрита Евфимия были возведены и украшены церковь, включившая элементы средневековой постройки, и монастырские здания. Значительную помощь возрождению обители оказал Иерусалимский патриарх Никодим I. «В 1885 году... председатель Православного Палестинского общества великий князь Сергей Александрович – брат русского Императора Александра III, передал 16 000 рублей серебром на постройку церквей на Святой Земле. 3000 рублей из этих средств были пожертвованы московским жителем А. Н. Ленивовым для монастыря святого Иоанна Предтечи на Иордане. Многие иконы для церкви монастыря были написаны на средства великого князя Сергея Александровича». Преемник игумена Максима архимандрит Григорий «на правой стороне устроил комнаты для приёма поклонников». Монастырские строения монастыря Иоанна Предтечи были повреждены во время землетрясения 1927 г. и восстановлены в 1952–1955 гг. греческим Иерусалимским патриархатом. С 1967 по 1993 гг. монастырь пустовал, т.к. находился в приграничной зоне. В настоящее время он доступен паломникам в сочельник Богоявления, когда Иерусалимский патриарх совершает великое водоосвящение на месте Крещения Господня, и во вторник Страстной седмицы. Обычай совершать богослужение на Иордане 5–6 января возник в византийский период. Согласно некоторым грузинским календарям VI–X вв., отражающим традиции древнейшего Иерусалимского Святогробского Типикона, накануне Крещения (5 января) совершался «собор на берегу Иордана», а 6 января – «великий собор на Иордане в церкви св. Иоанна Крестителя». Предположение Корнелия Кекелидзе, что в первом случае речь идёт о монастыре, а во втором – о церкви на месте Крещения, исследователи считают небесспорным: на берегу была расположена церковь, а не монастырь. В 2002 г. на восточном берегу, напротив традиционного места Крещения, был построен храм Иоанна Предтечи. В настоящее время в монастыре Иоанна Предтечи ведутся ремонтные работы.