Архимандрит Агрефений (около 1360 г. или 1370 г.) считает, что вышеупомянутая реликвия («рука левая по запястие никоего святаго старьца») не сгорела, когда сарацины бросили монахов в печь, потому что за неё старца держал Иоанн Предтеча. По словам этого автора, монастырь Иоанна Предтечи находился на расстоянии полверсты от Иордана, а руины церкви Святой Троицы на месте Крещения – на противоположном берегу. В 1384 г., по сведениям флорентийских паломников Лионардо Фрескобальди и Джорджо Гуччи, в монастыре оставались всего один – два монаха. В 1421 г. диакон Зосима уже застал монастырь заброшенным: «Ту стоит церковь святая Троица, был монастырь, ныне же от злых арапов разорена». По словам Феликса Фабера, в начале 1480 гг. в монастыре жили арабские разбойники. В 1515 г. монастырь Иоанна Предтечи находился в запустении, но в 1561 г. в нём снова проживали греческие монахи. В конце XVI в. монастырь был окончательно заброшен и постепенно разрушался. Исследователям неизвестно почему местные арабы стали называть эти развалины Каср-эль-Яхуд, т.е. «замок евреев». К 1859 г. «от развалин монастыря уцелела только... одна из зал нижнего этажа, в которой саввинские иноки совершают иногда службу в день Богоявления; от церкви уцелело едва несколько полуобрушившихся стен; на обломке одной из них видно ещё изображение апостола Андрея первозванного». Сохранились куски разбитой мраморной лестницы, которая вела к Иордану, и цветной мозаики. Василий Григорьевич Васильевский упоминал также четырёхугольные стены из тёсаных камней и цистерну. Восстановление монастыря Иоанна Предтечи было начато игуменом Максимом в 1873 г. В дневнике архимандрита Антонина (Капустина) под 5 января 1881 г. сообщается о ходе строительных работ: «Отъезд в монастырь Св. Предтечи, восстановляемый самым желанным образом. Лития в церкви, осмотр всех частей обители и Максимовой пристройки. Закуска в трапезе с вином и елеем. Отдых деспотов и моё списывание древних надписей, искание мозаики». Из дневников архимандрита Антонина следует, что строительные работы велись под руководством архитектора и инженера Г. Франгьи (руководившего строительством Гефсиманского во имя равноапостольной Марии Магдалины монастыря, моста через Иордан и Сергиевского подворья в Иерусалиме). Исследуя местность в 1881 г., К.Р. Кондер и Г.Г. Китченер пришли к выводу, что монастырь был окружён оборонительными стенами и располагался на двух уровнях. Прямоугольная в плане средневековая церковь (17×42 м) находилась на первом уровне на месте центрального нефа трёхнефной византийской базилики (42,7×27,4 м). В юго-западном углу здания была построена башня.