Д. Прингл предполагает, что эти развалины относились к церкви Иоанна Предтечи, построенной в VII в. Согласно латинскому источнику (до 1114 г.), в монастыре Иоанна Предтечи подвизалось около 20 монахов. Небольшая часовня на месте Крещения упоминается Николаем Бергссоном, аббатом Мункатвера (около 1140 г.), однако, по мнению Д. Прингла, эти сведения заимствованы из сочинения «О св. местах» Беды Достопочтенного. Во время нападения мусульман (как полагают исследователи, халебского эмира Занги I Имад ад-Дина в 1139 г.) шесть иноков из монастыря Иоанна Предтечи были казнены. Однако из сочинения Мухаммада аль-Идриси (около 1154 г.) следует, что греческие монахи продолжали жить в монастыре. В 1160 г. монастырь Иоанна Предтечи был полностью разрушен землетрясением и в 1170 гг. заново отстроен императором Мануилом I Комнином, видимо, на том же месте – на расстоянии «двух выстрелов из лука от Иордана». В то же время на полпути от монастыря Иоанна Предтечи к Иордану была воздвигнута новая часовня на месте Крещения Господня (ещё в 1175 г. немецкий монах Теодорих вместо часовни увидел только камень, на котором стоял Спаситель). По мнению Д. Прингла, эта часовня была построена на месте предыдущей церкви VII в. В 1169–1172 гг. тамплиеры для обеспечения безопасного посещения паломниками Иордана построили недалеко от монастыря замок. Хотя в 1212 г. часовня на месте Крещения была разрушена, монастырь уцелел, и в нём подвизались греческие монахи. Из описания монастыря Иоанна Предтечи Сербского архиепископа Саввы I, посетившего его в 1229 г., следует, что монастырь находился на восточном (!) берегу Иордана. О жизни обители XIV в. свидетельствуют колофоны присланных туда или переписанных в ней рукописей. Из записи в одном из кодексов лавры Саввы Освященного исследователям известно, что в 1316 г. с Крита в монастырь Иоанна Предтечи было прислано шесть Миней. В рукописи 1330 г. назван кафигумен Памва. Иерусалимский Типикон был создан в монастыре Иоанна Предтечи в XIV в., при игумене Григории. В Иерусалимской патриаршей библиотеке хранится ряд рукописей, ранее принадлежавших монастырю Иоанна Предтечи. К 1335 г. относится первое упоминание о хранящейся в монастыре Иоанна Предтечи в кипарисовом ковчеге левой руке Иоанна Предтечи. Исследователи полагают, что эта реликвия была перенесена туда после 1187 г. из кафедрального собора Севастии (в 10 км от Наблуса). Примерно в это же время Стефан Новгородец (1348 или 1349 г.), упоминая при описании святынь Константинополя десницу Иоанна Предтечи, говорит, что его левая рука хранилась в монастыре Иоанна Предтечи.