Что касается большого, окружённого стеной монастыря с церковью Иоанна Предтечи, то он, по мнению исследователей, располагался на холме (исследователям неясно на каком), но, вероятнее всего, на западном берегу реки. Когда в 724/725 г. монастырь посетил Айхштеттский епископ Виллибальд, русло Иордана сместилось, и вода к церкви на месте Крещения проходила по специально вырытому каналу. В монастыре Иоанна Предтечи, который отстоял на милю от места Крещения, в это время проживало около 20 иноков. Около 808 г., согласно «Commemoratorium de Casis Dei vel monasteriis» («Памятной записке о домах Божьих и монастырях»), церковь на месте Крещения принадлежала монастырю Иоанна Предтечи, в котором подвизалось 35 человек. Из «Описания Святого града» (715/717 и 1000 гг.), ранее считавшегося сочинением Епифания Монаха, исследователи сделали вывод, что монастырь Иоанна Предтечи находился на западном берегу Иордана, был укреплён стенами и имел большую церковь Святой Троицы, тогда как храм на берегу Иордана был освящён во имя Иоанна Предтечи. Монах Бернард (IX в.) упоминает только монастырь, сведений о церкви на месте Крещения у него нет. Пострижеником монастыря Иоанна Предтечи был преподобный Герман, основатель монастыря Икосифинисса в Македонии. В «Истории страны Агванк» Мовсеса Каланкатуаци (первая половина Х в.) даётся описание собора монастыря Иоанна Предтечи: «Там сооружена церковь с двухскатным перекрытием, построенная крестообразно – в 80 локтей (примерно 40 м) в длину и ширину, там имеется три алтаря для богослужения». Армянский источник начала XI в. сообщает, что собор монастыря Иоанна Предтечи имел три престола. В конце XI в. в монастыре Иоанна Предтечи находилась резиденция Сотериха, епископа православной Иорданской епархии, подчинённой Скифопольской митрополии. Исследователям известна также печать монастыря Иоанна Предтечи XII в. с изображением Иоанна Предтечи. Русский игумен Даниил в «Хожении» (начало XII в.), как и все представители последующей паломнической традиции, пишет, что монастырь Иоанна Предтечи находился на западном берегу («недошедше Иордана»). Даниил рассказывает о «ветхом монастыре Иоаннове», в котором была большая церковь во имя Иоанна Предтечи (по мнению Д. Прингла, паломник видел её разрушенной). Согласно игумену Даниилу, монастырь Иоанна Предтечи находился на возвышенности («есть горе возделан»), хотя в другой редакции «Хожения» говорится «градом оделано», т.е. окружён стенами. Расположенные к востоку от монастыря Иоанна Предтечи «олтарец и комара мала» ассоциировались Даниилом с местом Крещения, а их удалённость на некоторое расстояние от Иордана («яко можеть доверечи мужь камениемь малым») объяснялась тем, что в момент Крещения река «возвратися вспять».