Император вызвал преподобного в столицу. Иоанн Святогорец сказал ему: «Я был убогий мирской человек... и желал удалиться как-то на чужбину и спасать душу свою и пребывать в убожестве... Пришёл родственник мой Торник, и через него впал я в великую борьбу и людские собрания, и желаю быть свободным от всего этого и позаботиться наконец о своей душе». Однако император убедил Иоанна Святогорца отказаться от своих намерений, указав на то, что без него грузинский монастырь придёт в упадок. Преподобный был вынужден возвратиться на Афон и вновь принять управление обителью. Однако позже Иоанн Святогорец заболел подагрой «и многие годы, распростёртый, лежал на одре и терпел сильнейшие боли». Как сказано в Житии, Иоанн Святогорец принял болезнь с радостью, как «сокровище весьма великое и дар царский», и передал управление делами монастыря сыну, который, несмотря на то что стремился всё время посвящать переводам книг Священного Писания, «покорился ему и, покуда пребывал тот во плоти, с послушанием... управлял... и без его повеления не делал ничего». В Житии цитируется письмо Иоанна Святогорца и Евфимия, адресованное ранее подвизавшимся в Великой Лавре и позже перебравшимся в Отхтаэклесиа грузинским монахам Арсению Ниноцминдскому и Иоанну (Грдзелисдзе). Преподобные просили их вернуться на Афон, чтобы помочь Евфимию в переводах книг. Сохранилась дарственная от 10 ноября 996 г., которую на имя Иоанна Святогорца дал его духовный сын, бывший мандатор (офицер) Захария, сын Михаила. Преподобному, а также Великой Лавре были пожертвованы имения Захарии на острове Лемнос: ферма, десять домов, мельница, виноградники, пахотная земля, пастбища, скот. Афанасий Афонский перед кончиной (около 1000 г.) назначил Иоанна Святогорца эпитропом Великой Лавры. К 1005 г. братия монастыря насчитывала свыше 200 человек. По письменному завещанию преподобного (не сохранилось), которое цитируется в Житии, настоятелем Иверского монастыря должен был стать Евфимий, а после его кончины – Георгий Строитель, с тем чтобы традиция назначения уходящим настоятелем своего преемника не прерывалась. Иоанн Святогорец был погребён в кафоликоне Иверского монастыря: над его могилой Евфимий выстроил церковь во имя св. Архангелов (ныне Всех святых). В предисловии к переводу Толкования Иоанна Златоуста на Евангелие от Матфея (1008 г.) Евфимий написал о роли отца в его образовании и избрании поприща, а также привёл список переведённых им при жизни Иоанна Святогорца книг. Среди названий Иверского монастыря долгое время употреблялось и «Лавра Ивера», т.е. Иоанна Святогорца. Настоятель Иверского монастыря Георгий Святогорец (1044–1056 гг.) перенёс в южную часть нартекса кафоликона мощи Иоанна Святогорца, Евфимия и Иоанна-Торникия, а позже Арсения Ниноцминдского и Иоанна (Грдзелисдзе) и распорядился, чтобы возле рак горели три неугасимые лампады. Во время его настоятельства были зафиксированы случаи исцеления от мощей Иоанна Святогорца и преподобных.