Вьеннский собор (1311–1312 гг.) в декрете «Abusionibus quas» осуждал злоупотребления квесторов, несанкционированно распространявших подобные индульгенции среди народа, у которого они пользовались большой популярностью. На уровне папского учительства впервые такую практику использовал папа Римский Каллист III, который предоставил в 1457 г. полную индульгенцию для участников войны с сарацинами в Кастилии, указав на возможность её использования и в отношении душ, находящихся в чистилище. 3 августа 1476 г. папа Римский Сикст IV буллой «Salvator Noster» провозгласил полную индульгенцию «per modum suffragii» («посредством заступничества») для душ в чистилище; верующие могли её получить за пожертвования на ремонт церкви св. Петра в Сенте. Однако квесторы зачастую допускали ошибочные толкования буллы, заявляя о полном искуплении и спасении души такой индульгенцией. 27 ноября 1477 г. папа был вынужден издать послание «Romani Pontificis provida», где указал, что данная индульгенция не отменяет необходимость молитв за души умерших, т.к. она предоставляется им не в силу папской юрисдикции, но посредством милостыни жертвователей и их молитв о сокращении срока пребывания души умершего в чистилище. С XIII в. в процессе развития практики индульгенций выделяются её типы: папские, легатские, епископские, орденские и др. В XI–XII вв. папские индульгенции, сравнительно немногочисленные, даровались преимущественно в связи с Крестовыми походами и паломничествами в Рим. В 1297 г. папа Римский Бонифаций VIII объявил о стодневной индульгенции для получавшего папское благословение (benedictio apostolica). С XIII в. важным поводом для папской индульгенции стала канонизация святых. Так, папа Римский Гонорий III объявил индульгенцию по случаю канонизации Дублинского архиепископа Лаврентия О'Тула (1225 г.), папа Иннокентий IV – по случаю канонизации Кентерберийского архиепископ Эдмунда (1246 гг.), папа Иоанн XXII – по случаю канонизации Херефордского епископа Фомы (1320 г.). С XIV в. папы провозглашали индульгенции в связи с общецерковными праздниками; например, в 1312 г. папа Римский Климент V объявил о стодневной индульгенции верующим, которые посетили службу в праздник Тела Христова; подобная индульгенция также была предоставлена папой Сикстом IV в 1476 г. для праздника Зачатия Пресвятой Девы Марии. Учреждённое в 1300 г. папой Римским Бонифацием VIII празднование юбилейного года (см. «Annus sanctus») каждые сто лет стало одним из главных поводов дарования папских индульгенций паломникам в Рим, которые раскаялись и исповедались в грехах (vere paenitentibus et confessis) и посетили римские базилики апостола Петра и апостола Павла (булла «Antiquorum habet»). В 1343 г. папа Климент VI установил празднование юбилейного года каждые 50 лет, в 1470 г. папой Римским Павлом II срок проведения юбилейных годов был сокращён до 25 лет.