Законченную богословскую формулировку учение об индульгенции получило с развитием в католическом богословии учения о сверхдолжных заслугах (merita superabundantia), составляющих «сокровище», или «сокровищницу» церкви (thesaurus meritorum – сокровищница заслуг, позднее thesaurus operum supererogationum, thesaurus supererogationis perfectorum – сокровищница сверхдолжных добрых дел), т.е. неиссякаемого «запаса» заслуг, образуемого Крестной жертвой Христа, добрыми делами и подвигами Богородицы и святых. В силу общения святых (communio sanctorum) и единства живых и мёртвых в мистическом Теле Христовом (церкви) эти заслуги могут распределяться пастырями среди верующих. Одним из первых представление о делах покаяния как о заслугах, необходимых для «удовлетворения за грехи», выдвинул Вильгельм Овернский в сочинении «De sacramento paenitentiae» («О таинстве покаяния»), где им указывалась важность посредничества святых в предоставлении индульгенции. Идея «наследования» церковью искупительных заслуг Христа и святых, выдвинутая Гуго Сен-Шерским, была развита Александром из Гэльса, который впервые употребил термин «thesaurus» применительно к накопляемым церковью сверхдолжным заслугам (meritam ecclesiasticae unitatis), связав с ними предоставление индульгенции. Учение о сокровищнице церкви, из которой проистекают индульгенции, рассматривается у Альберта Великого, Бонавентуры  и др. Решающий вклад в его формирование приписывается Фоме Аквинскому, который провозгласил, что святые, совершая искупительные действия, стремились, чтобы их дела послужили не только им самим, но и всей церкви, и что совершение искупительных действий за другого человека из любви к нему имеет большую ценность, нежели совершение их для собственного спасения. К концу XIII в. Генрих Гентский определял индульгенцию как отпущение или ослабление временного наказания (remissio sive relaxatio poenae temporalis) за раскаянные грехи, подаваемое законным прелатом из сокровищницы сверхдолжных заслуг церкви (ex thesauro Ecclesiae de supererogatione). Папа Римский Климент VI буллой «Unigenitus Dei Filius» от 27 января 1343 г. официально утвердил учение о бесконечных заслугах Христа, Богоматери и святых, образующих сокровище церкви, доверенное апостолу Петру и его преемникам – Римским папам, «чтобы оно подавалось подлинно раскаявшимся и исповедующимся для отпущения временного наказания за грехи либо частично, либо полностью». Догматическое формулирование Ферраро-Флорентийским собором учения о чистилище (1439 г.) оказало влияние на дальнейшее развитие практики индульгенций. В XV в. отмечаются первые случаи предоставления индульгенций душам умерших, которые находятся в чистилище. Возможность такой индульгенции уже допускалась Бонавентурой и Фомой Аквинским.