Члены Синода не получили разрешений на встречи с архиереями оккупированных областей СССР и с епископами своей церкви в других европейских странах. Методы и практика нацистской религиозной политики, опробованные в 1933–1941 гг. в Германии и в покорённых европейских странах, после 22 июня 1941 г. были перенесены на религиозные организации оккупированной территории СССР. Уже через два месяца после начала войны с СССР в соответствии с указаниями Гитлера были выработаны основы религиозной политики на Востоке. С одной стороны, православие стремились использовать как духовную силу, преследовавшуюся советской властью и потенциально враждебную большевизму. С другой – нацисты добивались дробления РПЦ во избежание консолидации её «руководящих элементов» для борьбы с рейхом. Делами РПЦ на оккупированной территории СССР ведали следующие структуры: наиболее лояльное по отношению к церкви РКМ, Верховное командование вермахта и военная администрация в России, Министерство по делам восточных территорий (РМО) во главе с А. Розенбергом, занимавшее жёсткую позицию РСХА, открыто враждебная церкви партийная канцелярия во главе с М. Борманом. В начале войны отдельные немецкие офицеры и представители военной администрации нередко помогали открытию храмов. Чтобы прекратить подобную практику, в конце июля 1941 г. были опубликованы личные директивы Гитлера о запрете военнослужащим вермахта оказывать содействие возрождению церковной жизни. В сентябре Гитлер сформулировал новые директивы, изданные вместе с прежними 2 октября 1941 г. в виде приказов командующих тыловыми областями групп армий «Север», «Центр» и «Юг». Военной администрацией управлялись почти все оккупированные русские области, находившиеся в прифронтовой полосе. Это во многих случаях смягчало жёсткую линию партийной канцелярии в отношении РПЦ. Наиболее благоприятной по сравнению с другими регионами была ситуация на северо-западе России, где успешно действовала Псковская миссия («Православная миссия в освобождённых областях России»), организованная митрополитом Сергием (Воскресенским), сохранившим каноническое общение с РПЦ. В дальнейшем при отступлении с оккупированных территорий немецкими войсками практиковались депортация и убийство священнослужителей, осквернение, разграбление и разрушение храмов. В первые месяцы войны с СССР, воспользовавшись тем, что на оккупированной территории ещё не сформировалась гражданская администрация, органы полиции безопасности и СД пытались получить преобладающее влияние на религиозные организации. Взгляды полиции безопасности и РМО совпадали не во всём. В РСХА приступили к разработке долгосрочных послевоенных планов религиозной политики на Востоке; 31 октября 1941 г. была издана соответствующая секретная директива. Тотальный расизм приказа не оставляет у исследователей сомнения в судьбе православия в случае победы гитлеровской Германии: его стали бы уничтожать, насаждая «новую религию», лишённую основных христианских догматов. РМО решало более конкретные задачи: «замирение» оккупированных территорий, эксплуатацию их хозяйственного потенциала в интересах рейха, обеспечение поддержки местным населением германской администрации и т.п.