В этой связи большое значение придавалось пропагандистской деятельности, в том числе использованию религиозных чувств населения. РМО и его рейхскомиссары с конца 1941 г. определяли практическую религиозную политику германских органов власти на Украине, в Белоруссии и в Прибалтике. Разработка в РМО под руководством А. Розенберга основополагающего закона о религиозной свободе на оккупированных территориях СССР и его обсуждение продолжались с октября 1941 г. по начало мая 1942 г., когда Гитлер категорически отверг последний (18-й) проект. В виде указов рейхскомиссаров был издан сокращённый вариант разъяснительных распоряжений к так и не принятому закону. Весной 1942 г. религиозный подъём на оккупированных территориях заставил нацистов серьёзно заняться церковным вопросом в России. 11 апреля 1942 г. в кругу приближённых Гитлер изложил своё видение религиозной политики: насильственное дробление церквей, принудительное изменение характера верований населения оккупированных районов, запрещение устройства единых церквей для сколько-нибудь значительных русских территорий. После совещания в ставке А. Розенберг 13 мая выслал рейхскомиссарам текст будущих указов вместе с разъяснением направляющей линии германской политики по отношению к религиозным обществам на оккупированных территориях. Основные положения разъяснения сводились к следующему: религиозным группам категорически воспрещалось заниматься политикой; территориально религиозные объединения не имели права выходить за границы генерального округа, охватывавшего, как правило, две–три области; национальный признак строго соблюдался при подборе руководства религиозных групп; религиозные объединения не должны были мешать деятельности оккупационных властей. Особую осторожность рекомендовалось проявлять в отношении РПЦ, воплощавшей враждебную Германии русскую национальную идею. Выполняя указания А. Розенберга, глава рейхскомиссариата Украины Эрих Кох 1 июня и рейхскомиссар Остланда Генрих Лозе 19 июня 1942 г. издали соответствующие указы, которые ставили все религиозные организации под контроль германской администрации. Упоминания о свободе веры или церковной деятельности отсутствовали, главное внимание уделялось порядку регистрации объединений верующих, им разрешалось заниматься выполнением лишь чисто религиозных задач. Выработанные на основе линии партийной канцелярии и указаний Гитлера к лету 1942 г. основные направления германской религиозной политики на Востоке в дальнейшем существенно не менялись. Чтобы не допустить возрождения сильной и единой РПЦ, РМО уже с осени 1941 г. поддерживало тех православных иерархов на Украине, в Белоруссии и в Прибалтике, которые выступили против Московского патриархата и объявили о намерении образовать автокефальные церковные организации. Рейхскомиссары не полностью разделяли эту установку министерства. Г. Лозе в Прибалтике относился терпимо к хорошо организованной Русской церкви и её миссионерской деятельности на северо-западе России, но не разрешал церковно-административного объединения Прибалтийского экзархата с Белоруссией и содействовал развитию церковного сепаратизма. На Украине германская администрация поддержала церковных сепаратистов и способствовала созданию Украинской автокефальной православной церкви в противовес возникшей на несколько месяцев раньше автономной церкви в составе Московского патриархата.