Существенные перемены произошли после создания Министерства по делам церкви. РКМ решило предоставить Русской церкви в Германии некоторые публичные права при жёстком политическом и идеологическом контроле. Эта кампания была рассчитана на международный пропагандистский эффект, чтобы представить нацистский режим защитником православной церкви (в отличие от СССР, где религиозные организации преследовали). В соответствии с политикой унификации РКМ считало недопустимым существование в Германии нескольких юрисдикций русских православных приходов. К 1935 г. в стране действовал один приход Московского патриархата, четыре прихода РПЦЗ, девять зарегистрированных и четыре незарегистрированные общины подчинялись митрополиту Евлогию (Георгиевскому), главе Западноевропейского экзархата русских православных приходов (в юрисдикции Константинопольского патриархата). В целях объединения русских приходов в рамках одного церковно-административного округа с осени 1935 г. нацистские ведомства приступили к их унификации на основе Германской епархии РПЦЗ. Главным объектом воздействия стали приходы, подчинявшиеся митрополиту Евлогию (Георгиевскому). Германские ведомства не устраивала их организационная связь с парижским центром экзархата. С октября 1936 г. нацистские ведомства подталкивали их к переходу в юрисдикцию РПЦЗ. После оккупации Чехии викарий митрополита Евлогия Пражский епископ Сергий (Королёв) и Берлинский архиепископ Серафим (Ляде) 3 ноября 1939 г. заключили соглашение о том, что оставшиеся у евлогиан пять общин (три в Германии и две в Чехии) подчинялись епископу Сергию и в то же время входили в епархию РПЦЗ. В 1938–1940 гг. РКМ приступило к реализации идеи распространения юрисдикции Германской епархии РПЦЗ на все контролируемые рейхом территории. В подчинение к архиепископу Серафиму постепенно перешли православные общины в Австрии, Чехии, Бельгии, Люксембурге и Лотарингии, а также в союзных рейху Словакии и Венгрии. Другие нацистские ведомства выступили против стратегической линии РКМ на создание в Германии одного из влиятельных центров православия и сделали невозможным её осуществление. В этом плане показательна неудача попытки организации в Берлине Православного Богословского института. С началом войны против СССР обозначился отказ от прежнего курса РКМ на распространение юрисдикции Германской епархии РПЦЗ на все попадавшие в сферу нацистского контроля области с перспективой создания в будущем самостоятельной Германской православной церкви. Как правило, продолжавшиеся до начала 1942 г. присоединения к епархии православных приходов происходили по их инициативе. После нападения на СССР в директивах Гитлера и других руководителей рейха говорилось о категорическом недопущении священников из других стран на территорию СССР, содержался фактический запрет на распространение юрисдикции Германской епархии РПЦЗ на Восток. 1941 год стал переломным во взаимоотношениях нацистского руководства с РПЦЗ, которая стала рассматриваться как проводник чуждой нацизму русской националистической и монархической идеологии. Политика изоляции архиерейского Синода РПЦЗ, начавшаяся с нападения Германии на СССР, неукоснительно осуществлялась до сентября 1943 г. Послания Синода об организации церковного управления в занятых немцами областях СССР германские ведомства оставили без ответа.