Он высказывался за создание кафедры библейского греческого языка, причём не только в Духовных академиях, но и в Духовных семинариях. Под его редакцией с примечаниями и предисловием вышло в русском переводе несколько новейших западных исследований по этой теме: профессора Густава Адольфа  Дайсмана (1866–1937 гг.) «Современное состояние и дальнейшие задачи изучения греческой Библии в филологическом отношении», профессора Альберта Тумба (1865–1915 гг.) «Греческий язык Библии, особенно в Новом Завете, по современному состоянию науки», статьи И. Витэ, Дж. Тейера и Г. Дайсмана под общим названием «Библейский греческий язык в писаниях Ветхого и Нового Завета», пастора Г. Штокса «Греческий язык Нового Завета в свете современного языкознания». Впоследствии под редакцией Глубоковского вышла «Граматика на гръцкия библейски езикъ: Ветхи и Нови Завътъ» (София, 1927 г). В 1911 г. под его редакцией и с написанным им введением была опубликована брошюра «Хронология Ветхого и Нового Завета», в которую вошло две статьи (перевод с английского) из «Библейского словаря» Дж. Хастингса (американского профессора Э.Л. Кёртиса и оксфордского ученого К.Г. Тёрнера). Глубоковский написал ряд биографических очерков для намечавшегося к 100-летию Санкт-Петербургской Духовной академии (1909 г.) издания «Биобиблиографического словаря» преподавателей академии. Статьи и публикации, посвящённые архиепископу Смарагду (Крыжановскому), ректору Санкт-Петербургской Духовной академии в 1830–1832 гг., печатавшиеся в 1908–1914 гг. преимущественно в «ХЧ», были объединены Глубоковским, и в 1914 г. вышла книга «Высокопреосвященный Смарагд (Крыжановский), архиепископ Рязанский († 1863, ХI, 11): Его жизнь и деятельность». Определяя метод и задачи исследования, Н.Н. Глубоковский писал, что «личность Смарагда служит к раскрытию его деятельности, а эта последняя... существенно помогает всестороннему и отчётливому уразумению целого периода нашей церковной истории во всех главнейших моментах, часто влиявших на всё дальнейшее церковно-историческое течение». Переписка, сохраняющаяся в архиве Глубоковского, даёт исследователям представление о том, насколько тщательно он относился к собиранию материалов, стремясь представить личность и деятельность Смарагда в исторической перспективе, использовав документы из 22 государственных, общественных и частных архивов. В 1914 г. книга была представлена на соискание премии имени Марии и Василия Чубинских, отмечена премиями имени графа Уварова (Академия наук), имени историка Геннадия Фёдоровича Карпова (Общество истории и древностей российских при Московском университете) и вызвала многочисленные отклики в печати. Довольно единодушные относительно научных качеств исследования, они расходились в оценке личности архиепископа Смарагда, частично или полностью отвергая характеристику, данную Глубоковским. Наиболее полно взгляды на задачи и методы церковной истории Глубоковский изложил в очерке, посвящённом Лебедеву (1908 г.), в рецензии на книгу В.И. Герье «Блаженный Августин» (1911 г.) и в соответствующих разделах «Русской богословской науки…» (1928 г.). Лебедеву Глубоковский, по собственному признанию, был обязан «началом и всем направлением» своего «научного бытия».