Выступая за радикальную реформу духовной школы (как средней, так и высшей), Глубоковский с присущей ему систематичностью разрабатывал концепцию духовно-педагогической политики, основные положения которой содержатся в ряде его статей, начиная с 1890 гг. С первых лет работы в Санкт-Петербургской Духовной академии он критически отзывался о системе и методах преподавания Священного Писания в Духовных семинариях, в январе 1896 г. по требованию Святейшего Синода представил записку о преподавании Священного Писания в Духовных семинариях, указав на необходимость изучать само Священное Писание, а не соответствующие учебники. В мае того же года Глубоковский был назначен в Комиссию по пересмотру устава Духовных академий, организованную при митрополите Санкт-Петербургском Палладии (Раеве), подал доклад «К вопросу о нуждах духовно-академического образования». В декабре 1905 г. входил в епархиальную комиссию, созданную при митрополите Антонии (Вадковском), и представил записки «Об основах духовно-учебной реформы и желательных типах духовно-богословских школ» и «К вопросу о постановке высшего богословского изучения в России». В 1906 г. участвовал в заседаниях V отдела Предсоборного Присутствия, где обсуждались вопросы реформы духовного образования. Глубоковский подал доклады: «О существе, характере и системе богословского научно-академического преподавания» и «Учебный Комитет при Св. Синоде и состояние духовной школы – в исторической перспективе»; в октябре-ноябре 1907 г. для Особой комиссии о духовно-учебной реформе при обер-прокуроре Святейшего Синода Петре Петровиче Извольском (1863–1928 гг.) написал доклады: «О реорганизации Учебного комитета», «Об организации школьного пастырского приготовления и об устройстве богословско-пастырских училищ»; в феврале-марте 1908 г. участвовал в Совещании при Святейшем Синоде по преобразованию духовной школы. Статьи и доклады Глубоковский опубликовал в сборнике «По вопросам духовной школы (средней и высшей) и об Учебном комитете при Святейшем Синоде», вызвавшем несколько десятков откликов как в светской, так и в церковной печати, в том числе иностранной. Он резко критиковал деятельность Учебного комитета при Святейшем Синоде, выступал за разделение духовной школы на общеобразовательную (духовную гимназию) и богословско-пастырскую, за создание богословских факультетов при университетах, за предоставление академическим Советам права помимо Святейшего Синода утверждать учёные степени – магистра и доктора, за изменение программ Духовных академий и проч. Глубоковский указывал на недостаточность для православного богослова одного только «предметного образования» и на необходимость воспитания «целостной настроенности, которая с возможною точностью отражается на всём жизненном поведении». По его мнению, «было бы большим заблуждением думать, что учёный богослов есть уже достойный и готовый учитель и служитель для Церкви и в Церкви. Это – совершенно протестантская мысль». Он считал, что богословское образование и богословская наука должны сделаться «обязательными для всякого одухотворённого образования». Глубоковский полагал, что для развития «серьёзной богословской научности в России» необходимо выработать основные схемы предметной классификации и группировку академических дисциплин по отделениям.