Задачей историка он считал творческое воссоздание «живого исторического явления… во всей значимости для настоящего по сравнению с прошедшим и по предуготовлению будущего», выделяя два основных этапа исторического исследования: фактическую реконструкцию событий и идейное построение «относительно зиждительных факторов исторического процесса». Историк, по его мнению, должен стремиться постигнуть «разум бытия», раскрыть руководящие начала, дающие фундамент всему процессу, одухотворяющие его на всех ступенях и связывающие «в сплоченные звенья развития последовательно осуществляемой идеи». Глубоковский придавал большое значение изучению личности, в центре его церковно- и богословско-исторических исследований – блаженный Феодорит, апостол Павел, архиепископ Смарагд, апостолы Лука и Иоанн. Задачей исследователя-биографа он считал выявление не только «эмпирической индивидуальности» изучаемой личности, но и её духовного существа («внутреннего первоисточника разных жизненных преломлений»), поскольку именно оно важно как для самой личности, так и для исторического процесса. Причём Глубоковский обращал внимание на необходимость оценивать личность «в фактическом достоинстве своей эмпирической, действительной жизни», т.е. отделять от наслоений времени, от её «исторической судьбы», потому что в противном случае «историческая личность не просто выясняется из позднейшего, а прямо поглощается последним и подменивается им». Для него церковная история неразрывно связана с богословием (как и наоборот), поскольку «в ней затрагивается самый деликатный и таинственный двигатель исторического развития», самая трудная область для объективного анализа и точного воспроизведения – религиозный фактор, который в «христианстве является не отвлечённым принципом теоретического миропонимания, а творчески сознательною стихией, которая захватывает человека сполна». Он считал, что историк должен проявлять «необыкновенную зоркость» в выявлении религиозного фактора «в его истинной значимости для данного исторического момента, чтобы соблюсти надлежащее равновесие в изображении совокупного влияния всех действующих сил», «величайшее самообладание, чтобы при несомненном верховенстве божественного и абсолютного сохранить своё место и законную роль для всего человеческого и относительного. Иначе первое всё поглотит собою и, в конце концов, упразднит всякую историю». 14 октября 1904 г. Н.Н. Глубоковский был утверждён редактором и цензором ПБЭ, выходившей с 1900 г. под редакцией профессора А.П. Лопухина в качестве ежегодного бесплатного приложения к журналу «Странник». Под руководством Глубоковского вышло семь (VI–XII) томов энциклопедии, превратившейся из популярного издания, предназначавшегося, прежде всего, для сельского духовенства, в подлинно научное. Он поместил в ПБЭ более 20 своих статей, не считая многочисленных дополнений различного характера, всего свыше 100 страниц текста. Издание было прервано в 1911 г. на 12-м томе (последняя статья – «Константинополь») из-за финансовых затруднений издателей журнала «Странник». В августе 1916 г. Глубоковский постановлением Издательского совета при Святейшем Синоде был назначен «редактором-руководителем» энциклопедии. Он подготовил к печати, но так и не успел издать 13-й том.