Был членом Предсоборного Присутствия (1906 г.) и участвовал в работе пяти из семи его отделов, выступая на заседаниях более 200 раз. Неоднократно критикуя работу религиозных учреждений и отдельных лиц, он оставался защитником церковной иерархии как канонически незыблемого принципа церковной власти. Глубоковский занимал положение независимого эксперта, не примыкал ни к каким группировкам, являясь фигурой меж- и надкорпоративной. В мае 1916 г. он был назначен представителем Ведомства православного исповедания в комиссию Государственной Думы по делам РПЦ для участия в обсуждении законопроекта о православном приходе. С 1915 г. входил в состав совещания Палестинского общества о русских научных и религиозных интересах в Палестине, в январе 1917 г. принимал участие в совещании по делам Палестины, Афона, Синая, Египта и по вопросу о русском подворье в г. Бари. В мае 1917 г. был приглашён в образованное при МВД совещание для обсуждения общих вероисповедных вопросов, в октябре того же года избран делегатом от Петербургской Духовной академии на созываемое Министерством народного просвещения собрание по проблеме учреждения в Париже Русского института. Его первая заметка о событии празднования дня Священного коронования в Вологодской Духовной семинарии появилась 3 июня 1883 г. в «Вологодских губернских ведомостях». До 1917 г. Глубоковский опубликовал в различных газетах («Московские ведомости», «Русское слово», «Московские церковные ведомости», «Воронежские ЕВ», «Новое время», «Колокол» и др.) свыше 460 заметок на разнообразные темы. Печатался в духовных журналах: «Вера и разум», «Странник», «ХЧ», «Церковный вестник» (с ноября 1893 г. по май 1894 г. был исполняющим обязанности помощника редактора «ХЧ» и «ЦВк»), «Вера и Церковь», «Русское обозрение», «Богословский вестник», ТКДА, «Православный собеседник», с 1908 г. рецензии Глубоковского довольно регулярно публиковались в еженедельнике «Гермес», сотрудничал более чем в 70 изданиях, включая иностранные. Весной 1918 г. он выступил одним из инициаторов присоединения Петроградской Духовной академии к Петроградскому университету, разработал проекты необходимых документов (устав, программу занятий) и принимал участие в заседаниях комиссии по этому вопросу. В январе и мае–июне 1918 г. был командирован советом ПДА в Москву для выяснения дальнейшей судьбы академии и встречался с патриархом. В сентябре–декабре 1918 г. по приглашению проканцлера Уппсальского университета архиепископа Натана Сёдрблома (1866–1931 гг.) посетил Швецию. В университете читал лекции «Православная Церковь и желательность объединения христианских Церквей» и составил научное описание славянских рукописей и старопечатных книг, хранившихся в университетской библиотеке Carolina Rediviva. Накануне возвращения из Швеции, 20/7 декабря 1919 г., по предложению Николая Яковлевича Марра (1865–1934 гг.) Глубоковский был избран младшим ассистентом по разряду Христианского Востока и армяно-грузинской филологии Петроградского университета. Одновременно с 15 марта 1919 г. вплоть до отъезда из России состоял архивариусом в IV секции II Отделения (бывший Архив и Библиотека Святейшего Синода) Единого государственного архивного фонда. С 21 октября 1919 по 17/4 апреля 1920 г. Глубоковский находился в командировке в Вологде.