Как никто другой из русских профессоров духовного ведомства, он имел обширные контакты с представителями богословской науки различных христианских вероисповеданий, состоял в переписке с А. Пальмиери, Грегори, Дайсманом, К. Грассом и др. Редактор журнала «Theologisches Literaturblatt» профессор Гёттингенского университета Готлиб Натаниэль Бонвеч (1848–1925 гг.) писал ему: «Вы сумели также установить живую связь и с западным учёным миром. Вы сделали своим для русского богословия то, что там было выработано в области богословия, и постарались также доставить русскому богословию доступ в западный мир. При этом Ваш интерес был направлен не только к тому, чтобы представлять чистую науку, но и к тому, чтобы оказывать услуги в церковной и религиозной жизни». Н.Н. Глубоковский участвовал во всех основных межхристианских конференциях. В сентябре–октябре 1918 г. читал лекции о соединении церквей на проходившей в Уппсале встрече христианских церковных деятелей и учёных из Великобритании, Франции, Германии, Нидерландов, Венгрии, Швейцарии, Норвегии и Швеции. В июне-июле 1925 г. официально представлял Болгарскую православную церковь на проходившем в Лондоне праздновании 1600-летия первого Вселенского собора, 25 июня (8 июля) в зале Королевского колледжа произнёс речь «Христианское единение и богословское просвещение в христианской перспективе» (1926 г.). В августе 1925 г. выступал с докладом «О христианском единении в жизни и труде» (1926 г.) на Стокгольмской конференции «Жизнь и деятельность» («Life and Work»), собравшей более 600 представителей различных христианских церквей и исповеданий из 37 стран. В августе 1927 г. на Лозаннской конференции «Вера и церковное устройство» («Faith and Order») выступал в качестве главного референта от православной церкви с докладом «Евангелие, Церковь и таинство». В 1928 г. по приглашению фонда «Olaus-Petri-Stifelsen» вновь посетил Уппсальский университет и выступил с докладом «Св. апостол Павел и павлинизм Антиохийской школы» (этот же доклад он произнёс на V конгрессе русских заграничных академических организаций). В 1929 г. принимал участие во встрече западных и восточных богословов в г. Нови-Сад (Сербия) с докладом «Христово уничижение и наше спасение». В 1930 г. был приглашён на такую же встречу в Берн, но из-за болезни не смог на неё приехать (его доклад «Christus und Kirche» был зачитан). Приветствуя межцерковные конференции, Н.Н. Глубоковский свидетельствовал, что все подозрения против них «совершенно ошибочны или злонамеренны», поскольку конференции не скрывают и не затушёвывают конфессиональных разногласий, открыто исповедуя, что «без единства веры не может быть междуцерковного единения», их задача – «взаимное непосредственное ознакомление и свойственное ему сближение», в результате которого устраняются существующие взаимные недоразумения и соблазны. Он исходил из того, что «взаимное и всеобщее христианское единение есть не только заповедь Христа Спасителя и не только наша всецелая моральная обязанность», но и потребность и свойство самого христианского бытия, которое без этого «не может существовать, функционировать и развиваться нормально».